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ハワード・ヒューズ医学研究所(Howard Hughes Medical Institute, ハワード・ヒューズいがくけんきゅうじょ)はアメリカ合衆国の実業家ハワード・ヒューズによって1953年に設立された非営利の医学研究機関。本部はメリーランド州。2017年現在の財産総額は225億8892万8000ドル[1]で、ビル&メリンダ・ゲイツ財団に次ぐ全米第2位の規模である。
旗艦事業としては最低5年間、300人以上の科学者に資金を提供するHHMI Investigator Programがある。その他、生物学・医学分野における大学学部教育の助成から大学院生への奨学金、将来性のある若手研究者(特にマイノリティや女性)への助成、トップクラスの研究者への資金提供まで、広範な助成活動を行っている。とりわけ、トップクラスの研究者に対して重点的に多額の資金提供を行っている。資金提供は研究助成金(グラント)の授与ではなく、大学等に所属する研究者を在籍のまま同研究所の研究員として雇用するかたちで行われる。
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