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I perossiacetilnitrati sono composti irritanti per gli occhi e le vie respiratorie presenti nello smog fotochimico. Sono inquinanti secondari, ovvero non sono direttamente immessi in atmosfera, ma si formano tramite reazioni radicaliche, in presenza di ossidi di azoto. A causa del loro tempo di vita molto lungo alle basse temperature, i perossiacetilnitrati assumono un ruolo molto importante nel trasporto degli ossidi di azoto antropogenici su lunghe distanze. Ad alte concentrazioni possono provocare seri danni alla vegetazione.
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