«Il mondo si divide in due categorie di diversa ampiezza… quelli che non hanno mai sentito parlare di Jan Švankmajer e quelli che hanno visto i suoi lavori e sanno di essersi trovati faccia a faccia con un genio.»
Ha studiato all'Accademia delle belle Arti praghese specializzandosi in rappresentazioni con i burattini, regia e scenografia.[senzafonte] Ha esordito nel cinema nel 1964 con il corto "Posledni trik pana Schwarzewaldea a pana Edgara" (The Last Trick). Durante la Primavera di Praga dirige quattro film che segnano il suo passaggio dal surrealismo al manierismo.[senzafonte]
Švankmajer si è guadagnato la sua reputazione dopo diversi decenni di lavoro e grazie alla sua tecnica peculiare dello stop-motion e per la capacità di creare immagini surreali, da incubo, e tuttavia in qualche modo buffe. Fino al 2005 è stato impegnato a Praga con la realizzazione di un nuovo film horror, Šílení, ispirato ai racconti di Edgar Allan Poe e del Marchese de Sade, la cui influenza era presente anche in molti suoi lavori passati.
Le caratteristiche dei film di Švankmajer sono:
suoni esasperati, e che creano sempre un effetto assai strano, in tutte le scene in cui qualcuno si ciba;
sequenze molto accelerate quando le persone camminano o interagiscono tra loro;
oggetti inanimati che prendono improvvisamente vita attraverso la stop-motion.
Il cibo è uno dei temi e degli elementi che preferisce e la stop-motion è presente in tutti i suoi film, nonostante nei lungometraggi siano incluse anche scene dal vivo più o meno lunghe.
Molti suoi film, come il cortometraggioDo pivnice, sono girati con una prospettiva infantile, e, allo stesso tempo, svelano una natura aggressiva e disturbante.
Oggi è celebrato come uno dei più grandi animatori al mondo. I suoi lavori più famosi sono probabilmente i lungometraggi Alice, del 1988, Faust, del 1994, Cospiratori del piacere, del 1996, e Otesánek, del 2000. Altrettanto conosciuto (ed imitato) è il corto Možnosti dialogu (1982), che mostra teste simili a quelle di Arcimboldo che si riducono l'una l'altra fino a diventare tutte uguali ("exhaustive discussion"), un uomo e una donna d'argilla che si dissolvono sessualmente l'uno dentro l'altro, poi litigano e si riducono a una frenetica poltiglia bollente ("passionate discourse"); e due teste di argilla più anziane che tirano fuori vari oggetti dalle loro lingue (spazzolini e dentifrici, scarpe e lacci, ecc.) e li usano in ogni combinazione possibile, sensata o meno ("factual conversation").
Il 27 luglio 2013 è stato insignito del Primo Premio Circolino dei Films per l'innovazione e la creatività.
Fu sposato con Eva Švankmajerová, pittrice surrealista, ceramista e scrittrice di fama internazionale, fino alla morte di lei, nel 2005. La Švankmajerová prese parte a molti suoi film, tra i quali Faust, Otésanek e Alice.
Dario Antimi, L'impronta Surrealista nell'opera di Švankmajer, Roma, EUS - Edizioni Umanistiche Scientifiche, 2016, p.140, ISBN978-88-99164-56-0.
Luigi Castellitto, David Sorfa, Timothy R. White, J. Emmett Winn, Michael O'Pray, Adrian Martin, Michele Faggi e Peter Hames, Moviement n°6 - Jan Švankmajer, a cura di Gemma Lanzo, Manduria (TA), Gemma Lanzo Editore, 2011, p.112, ISBN978-88-904002-8-5.
Giuseppe Dierna (a cura di), Jan Švankmajer, Eva Švankmajerova: Memoria dell'animazione-Animazione della memoria, Mazzotta, ottobre 2003, p.168, ISBN978-88-202-1659-7. (Catalogo della Mostra tenutasi a Parma dal 19 ottobre 2003 al 4 gennaio 2004)
Bruno Fornara, Francesco Pitassio e Angelo Signorelli (a cura di), Jan Švankmajer, Bergamo, Stefanoni, 1997, p.128.
Peter Hames, Dark Alchemy: The Films of Jan Švankmajer, Praeger, 15 agosto 1995, p.208, ISBN978-0-275-95299-0.
Peter Hames, The Cinema of Jan Švankmajer: Dark Alchemy (Directors' Cuts), 2ª edizione, Wallflower Press, 31 ottobre 2007, p.224, ISBN978-1-905674-45-9.
Gregorio Martín Gutiérrez (a cura di), Jan Švankmajer La magia de la subversión, T&B Editores, 2010, p.218, ISBN978-84-92626-56-4.
Jan-Eva Švankmajer: el llenguatge de l'analogia, Patronat Municipal per a l'Oganització del Festival Internacional de Cinema Fantàstic de Sitges, 1994, p.56, ISBN.
