Laureato in medicina e in chimica all'università di Padova, fu un illustre micologo e, come tale, collaborò alle Sylloge fungorum omnium husque cognitorum di Pier Andrea Saccardo. Successivamente si specializzò anche in algologia e nel 1889 intraprese la pubblicazione di una Sylloge algarum hucusque cognitarum che si protrasse fino al 1905 e in cui fissò lo stato dell'arte fino ai suoi tempi. Fece inoltre ricerca attiva in ambito botanico, interessandosi di anatomia e patologia vegetale. Dopo essere stato professore di Botanica a Camerino e a Sassari, nel 1903 divenne professore di Botanica a Modena e direttore dell'associato Orto botanico.
Nel 1890 De Toni fondò La nuova notarisia: rassegna trimestrale consacrata allo studio delle alghe, una rivista che diresse fino al 1923; oltre alla parte sistematica, la rivista aveva un indirizzo ecologico, con frequenti articoli riguardanti, per esempio, la distribuzione delle alghe marine o i rapporti delle alghe con l'ambiente.
De Toni fu anche un attento storico della botanica, raccogliendo importanti documenti, in particolare riguardanti l'opera di Ulisse Aldrovandi e gli interessi naturalistici di Leonardo da Vinci. Dedicò alla storia della botanica ben 130 delle oltre 300 pubblicazioni prodotte durante la sua attività.
Botaniche
Francesco Ardissone, Giovanni Battista De Toni, David Levi, Schemata generum floridearum illustratio accomodata ad usum phycologiae mediterraneae, Venezia, Tip. Fontana, 1881.
Giovanni Battista De Toni, Materiali per la fenologia degli organi di riproduzione delle Florideae mediterranee, Venezia, C. Ferrari, 1882.
Giovanni Battista De Toni, David Levi, De Algis nonnullis, praecipue Diatomaceis, inter Nymphaeaceas Horti Botanici Patavini, auctoribus G. B. De Toni et D. Levi, Messina, G. Carpa, 1886.
Giovanni Battista De Toni, David Levi, Enumeratio conjugatarum in Italia hucusque cognitarum, Venezia, Tip. Fontana, 1886.
Giovanni Battista De Toni, David Levi, Intorno ad una Palmellacea nuova per la flora veneta, Venezia, Fontana, 1886.
Giovanni Battista De Toni, Alghe delle Ardenne contenute nelle Cryptogamae Arduennae della signora M. A. Libert rinvenute da G. B. De Toni, Messina, G. Carpa, 1887.
Giovanni Battista De Toni, David Levi, Frammenti algologici, Venezia, Tip. lit. M. Fontana, 1887.
Giovanni Battista De Toni, Intorno ad alcuni alberi e frutici ragguardevoli, esistenti nei giardini di Padova, Padova, Tip. Gio. Batt. Randi, 1887.
Giovanni Battista De Toni, P. Voglino, Notes on nomenclature, by J. B. De Toni, P. Voglino, Venezia, Tip. Fontana, 1887.
Giovanni Battista De Toni, Intorno ad alcune diatomee rinvenute nel tubo intestinale di una Trygon violacea pescata nell'Adriatico, nota del dott. Gio. Batt. De Toni, Venezia, Antonelli, 1888.
Giovanni Battista De Toni, Intorno all'identità del Phyllactidium tropicum Moebius con la Hansgirgia flabelligera De Toni, Roma, Tip. della r. accademia dei lincei, 1888.
Giovanni Battista De Toni, Pilinia Kuetz. Ed Acroblaste Reinsch, Venezia, Stab. tip. lit. M. Fontana, 1888.
Giovanni Battista De Toni, Sylloge algarum hucusque cognitarum, Patavii, Sumpibus auctoris (Tip. Seminarii), 1889-1895.
Giovanni Battista De Toni, Boodlea Murray et De Toni: nuovo genere di alghe a fronda reticolata, Genova, Tip. di A. Ciminago, 1889.
Giovanni Battista De Toni, Osservazioni sulla tassonomia delle bacillariee (diatomee): seguite da un prospetto dei generi delle medesime, Venezia, Tip. lit. succ. M. Fontana, 1890.
Giovanni Battista De Toni, Francesco Saccardo, Revisione di alcuni generi di cloroficee epifite, Padova, Tip. del seminario, 1890.
Giovanni Battista De Toni, Sulla Navicula Aponina Kuetz e sui due generi Brachysira Kuetz e Libellus Cleve: nota, Venezia, Tip. Antonelli, 1890.
Giovanni Battista De Toni, Systematische Uebersicht der bisher bekannten Gattung der echten Fucoideen, von J. B. De Toni, Venezia, Tip. Fontana, 1891.
Giovanni Battista De Toni, Bacillarieae / digessit J. Bapt. De-Toni, 3 voll., Patavii, Typis Seminarii, 1891-1894.
Giovanni Battista De Toni, Le malattie crittogamiche della pianta del tabacco, Padova, Stab. tip. della ditta L. Penada, 1892.
Giovanni Battista De Toni, Miscellanea phycologica., Padova, Tip. del Seminario, 1892.
Giovanni Battista De Toni, Le mizoficee (cianoficee), Venezia, Stab. di G. Antonelli, 1892.
Giovanni Battista De Toni, Paolo Mach, Sopra l'influenza esercitata dalla nicotina e dalla solanina sulla germogliazione dei semi di tabacco: nota, Venezia, Tip. Ferrari, 1893.
Giovanni Battista De Toni, Cryptorhaphideae, digessit J. Bapt. De-Toni, Patavii, typis Seminarii, 1894.
Giovanni Battista De Toni, Sull'esistenza e successiva scomparsa del Cistus laurifolius nella flora euganea, Padova, Randi, 1894.
Giovanni Battista De Toni, Alghe marine del Giappone ed isole ad esso appartenenti: con illustrazioni di alcune specie nuove, Venezia, Tip. Carlo Ferrari, 1895.
Giovanni Battista De Toni, Phyceae Japonicae novae addita enumeratione algarum in ditione maritima Japoniae hucusque collectarum: alghe marine del Giappone ed isole ad esso appartenenti con illustrazione di alcune specie nuove, Venezia, Tip. Carlo Ferrari, 1895.
Giovanni Battista De Toni, Florideae, digessit J. Bapt. De-Toni, Patavii, Typis Seminarii, 1897-1924.
Giovanni Battista De Toni, Le bacillarie (Diatomee), Venezia, Tip. Carlo Ferrari, 1898.
Giovanni Battista De Toni, Flora algologica della Venezia. Parte 5. (Le bacillariee Diatomee), Venezia, Tip. Carlo Ferrari, 1898.
Giovanni Battista De Toni, Opiniones nonnullae de sylloge algarum omnium hucusque cognitarum, Patavii, Ex officina Seminarii, 1898.
Giovanni Battista De Toni, I recenti studi di talassografia norvegese, Venezia, Tip. Carlo Ferrari, 1899.
Giovanni Battista De Toni, Achille Forti, Alghe, Padova, Tipografia del Seminario, 1903,.
Giovanni Battista De Toni, H. Christ, La Pteris longifolia L. presso il lago Lario: nota, Venezia, Ferrari, 1903.
Giovanni Battista De Toni, Achille Forti, Intorno al Byssus purpurea del Lightfoot, Venezia, Officine grafiche di C. Ferrari, 1904.
Giovanni Battista De Toni, Intorno al ceramium pallens zanard. ed alla variabilità degli sporanghi nelle ceramiceae, Modena, Soliani, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Observations sur l'anthocyane d'Ajuga et de Strobilanthes, Paris, Secretariat de l'association, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Per la nomenclatura delle alghe, Padova, Tipografia del Seminario, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Analisi microscopica di alcuni saggi di fitoplancton raccolti dalla R. M. Liguria, Venezia, prem. offic. grafiche di C. Ferrari, 1910.
Giovanni Battista De Toni, Achille Forti, Contribution a la flore algologique de la Tripolitaine et de la Cyrenaique, Paris, Masson et Cie, 1912.
Giovanni Battista De Toni, Annotazioni di floristica marina, 4 voll., Venezia, Tip. C. Ferrari, 1913-1917.
Giovanni Battista De Toni, Osservazioni sulla costituzione dei cistoliti del ficus elastica roxb, Venezia, Tip. C. Ferrari, 1915.
Giovanni Battista De Toni, Achille Forti, Analisi microscopica di alcuni saggi di fitoplancton raccolti dalla R. N. Liguria, Venezia, Prem. off. graf. di C: Ferrari, 1916.
Giovanni Battista De Toni, Catalogo delle alghe raccolte nella regione di Bengasi dal r.p. D. Vito Zanon, Venezia, prem. offic. grafiche di C. Ferrari, 1916.
Giovanni Battista De Toni, Osservazioni botaniche e sperimentali intorno alla Digitalis Canata Ehrh, Venezia, prem. offic. Carlo Ferrari, 1919.
Giovanni Battista De Toni, Forti and Howe, Laurencia chilensis, sp. nov., Padova, Tip. del seminario, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Alghe di Australia, Tasmania e Nuova Zelanda, Venezia, Ferrari, 1923.
Giovanni Battista De Toni, Bibliographia algologica universalis seu repertorium totius litteraturae phycologicae hucusque editae quam digessit, Fori Livii, Typis Valbonesianis, sumptibus auctoris, 1931.
Storiche
Giovanni Battista De Toni, David Levi, L'Algarium Zanardini, Venezia, Tip.-Lit. M. Fontana, 1888.
Giovanni Battista De Toni, Spigolature per la flora di Massaua e di Suakim, Padova, Stab. Prosperini, 1888.
Giovanni Battista De Toni, David Levi Marenos, Giuseppe Meneghini: cenni biografici, Venezia, M. Fontana, 1889.
Giovanni Battista De Toni, Delectus seminum in r. Horto botanico universitatis parmensis anno 1892 collectorum, Parma, Tip. G. Ferrari e Figli, 1893.
Giovanni Battista De Toni, Giovanni Passerini, Parma, tip. del Seminario, 1893.
Giovanni Battista De Toni, Intorno all'epoca di fondazione dell'Orto Botanico parmense: notizie, Venezia, Tip. Ferrari, 1894.
Giovanni Battista De Toni, Alcuni elementi inediti riguardanti l'antico Orto Botanico di Padova ed il suo fondatore Francesco Bonafede, Padova, Tip. del Seminario, 1896.
Giovanni Battista De Toni, Intorno alla vita ed alle opere di Vittore Trevisan naturalista padovano, commemorazione di Gio. Batta De Toni, Milano, Tip. Bernardoni di C. Rebeschini e C., 1897.
Giovanni Battista De Toni, Due affreschi di scuola del Mantegna, Padova, Tip. del Seminario, 1898.
Giovanni Battista De Toni, I manoscritti di Leonardo da Vinci della reale biblioteca di Windsor, Firenze, Tip. Galileiana, 1898.
Giovanni Battista De Toni, I manoscritti di Leonardo da Vinci della reale biblioteca di Windsor dell'anatomia , fogli A, pubblicati da Teodoro Sabachnikoff, trascritti e annotati da G. Piumati, Paris, Tip. galileiana, 1898.
Giovanni Battista De Toni, Il ritratto leonardesco di Amerigo Vespucci: lettera a Guido Carocci, Padova, Tip. del Seminario, 1898.
Giovanni Battista De Toni, Frammenti Vinciani: con documenti inediti, Padova, Tip. del Seminario, 1900.
Giovanni Battista De Toni, L'orto botanico dell'universita di Camerino nel 1900: cenni illustrativi, Camerino, Tip. Savini, 1900.
Giovanni Battista De Toni, G.G. Agardh e la sua opera scientifica, Padova, Tipografia del Seminario, 1901.
Giovanni Battista De Toni, Della vita e delle opere di Antonio Piccone, Roma, Tip. E. Voghera, 1902.
Giovanni Battista De Toni, La biologia in Leonardo da Vinci: discorso letto nell'adunanza solenne del R. Istituto veneto il 24 maggio 1903, Venezia, Officine grafiche C. Ferrari, 1903.
Giovanni Battista De Toni, Cinque Lettere di Luca Ghini ad Ulisse Aldrovandi, tratte dagli autografi e pubblicate da G. B. De Toni, Padova, Tip. Seminario, 1905.
Giovanni Battista De Toni, Edmondo Solmi, Intorno all'andata di Leonardo da Vinci in Francia: nota, Venezia, C. Ferrari, 1905.
Giovanni Battista De Toni, Per il terzo centenario della morte di Ulisse Aldrovandi (4 maggio 1605-4 maggio 1905): cinque lettere di Luca Ghini ad Ulisse Aldrovandi tratte dagli autografi e pubblicate da G. B. De Toni, Padova, tipografia seminario, 1905.
Giovanni Battista De Toni, Di una interessante scoperta del modenese Giambattista Amici e de' suoi progressi: discorso inaugurale letto nella R. Universita di Modena il 4 novembre 1905, Modena, Società tipografica modenese, 1906.
Giovanni Battista De Toni, Il R. orto botanico di Modena dal 1772 al 1906: notizie raccolte dal direttore prof. G. B. De Toni, Genova, Tip. Ciminago, stampa, 1906.
Giovanni Battista De Toni, Leonardo da Vinci e Luca Pacioli: comunicazione, Venezia, Ferrari, 1906.
Giovanni Battista De Toni, Sull'origine degli erbarii: nuovi appunti dai manoscritti aldrovandiani, Modena, coi tipi di G. T. Vincenzi e nipoti, 1906.
Giovanni Battista De Toni, Frammento epistolare di Giacinto Cestoni sull'animalità del corallo, Pavia, Successori fratelli Fusi, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Gino Cugini, Modena, Società tipografica modenese, 1907.
Giovanni Battista De Toni, I placiti di Luca Ghini (primo lettore dei semplici in Bologna) intorno a piante descritte nei Commentarii al Dioscoride di P. A. Mattioli, Venezia, Officine grafiche di Carlo Ferrari, 1907.
Giovanni Battista De Toni, A. Forti, Intorno alle relazioni di Francesco Calzolari con Luca Ghini, Firenze, Stabilimento Pellas, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Matteo Lanzi, Genova, Tip. Ciminago, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Nuovi dati intorno alle relazioni tra Ulisse Aldrovandi e Gherardo Cibo, Modena, Soliani, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Spigolature Aldovrandiane, Verona, Tip. A. Cinquetti, 1907.
Giovanni Battista De Toni, Contributo alla conoscenza delle relazioni del patrizio veneziano Pietro Antonio Michiel con Ulisse Aldrovandi, Modena, Soc. tipogr. modenese, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Illustrazione dell'erbario di Ulisse Aldrovandi, Venezia, Ferrari, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Le lettere del medico Francesco Petrollini ad Ulisse Aldrovandi e Filippo Teodosio, Padova, Tip. Seminario, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Notizie intorno ad una polemica tra botanici nel 1817 (con documenti inediti), Verona, Tipografia A. Gurisatti, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Storia della scienza: Di una esperienza di Giacinto Cestoni: frammenti inediti, Venezia, Ferrari, 1908.
Giovanni Battista De Toni, Due lettere inedite di Ernesto Mauri, Roma, Voghera, 1909.
Giovanni Battista De Toni, Henri van Heurck, London, W. Clowes and Sons, (?), 1909.
Giovanni Battista De Toni, Il centenario di Carlo Darwin, Bologna, Zanichelli, 1909.
Giovanni Battista De Toni, Una lettera inedita botanico padovano Giuseppe Meneghini, Padova, Prem. Società Coop. Tipografica, 1909.
Giovanni Battista De Toni, Appunti dal tomo terzo dell'erbario Rauwolff conservato in Leida, Modena, coi tipi di G. T. Vincenzi, 1910.
Giovanni Battista De Toni, Francesco Ardissone (8 settembre 1837-4 aprile 1910), Padova, Tipografia del Seminario, 1910.
Giovanni Battista De Toni, La riforma del Senato, Padova, Tip. del seminario, 1910.
Giovanni Battista De Toni, Una mostra di carte fitogeografiche a Bruxelles, Pavia, Premiata tip. successori Fratelli Fusi, 1910.
Giovanni Battista De Toni, Il carteggio degli italiani col botanico Carlo Clusio nella Biblioteca Leidense, Modena, Società Tipografica Modenese, Antica Tipografia Soliani, 1911.
Giovanni Battista De Toni, Illustrazione del quarto volume dell'ebario di Ulisse Aldrovandi, Venezia, Premiate officine grafiche C. Ferrari, 1911.
Giovanni Battista De Toni, Nuovi documenti intorno Luigi Anguillara, primo prefetto dell'orto botanico di Padova, Venezia, Officine grafiche C. Ferrari, 1911.
Giovanni Battista De Toni, Edoardo Bornet (1828-1911), Padova, Tip. del Seminario, 1912.
Giovanni Battista De Toni, Intorno un erbario figurato del secolo 16., Modena, coi tipi di G. T. Vincenzi e nipoti, 1912.
Giovanni Battista De Toni, L'erbario di Tommaso Andrea Morelli medico del secolo XVIII: contribuzione alla storia della botanica, Venezia, prem. offic. grafiche di C. Ferrari, 1912.
Giovanni Battista De Toni, Nuovi documenti sulla vita e sul carteggio di Bartolomeo Maranta medico e semplicista del secolo XVI, Venezia, Premiate officine grafiche di Carlo Ferrari, 1912.
Giovanni Battista De Toni, Dalle Osservazioni microscopiche di Bonaventura Corti: appunti, Venezia, Officine grafiche C. Ferrari, 1913.
Giovanni Battista De Toni, La flora marina dell'Isola d'Elba e i contributi di Vittoria Altoviti-Avila Toscanelli, Padova, Tip. Seminario, 1916.
Giovanni Battista De Toni, Notizie bio-bibliografiche intorno Evangelista Quattroni semplicista degli Estensi, Venezia, C. Ferrari, 1918.
Giovanni Battista De Toni, Appunti su Giacinto Cestoni, Siena, Stab. tip. S. Bernardino, 1919.
Giovanni Battista De Toni, Fabio Colonna e l'eterocarpia: notizia storica di biologia, Roma, Tip. del Senato di G. Bardi, 1919.
Giovanni Battista De Toni, Una ricetta medica nel Codice Atlantico di Leonardo da Vinci, Roma, Stabilimento Poligrafico per l'Amm. della Guerra, 1919.
Giovanni Battista De Toni, Lettere di Giovanni Vincenzo Pinelli bibliofilo del secolo XVI: spigolature aldrovandiane, Roma, Attilio Nardecchia, 1920.
Giovanni Battista De Toni, Mario Cermenati per Leonardo: ricordi ed appunti, Roma, Industria tipografica romana, 1920.
Giovanni Battista De Toni, Antonio Piccone, Roma, A. Nardecchia, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Bartolomeo Maranta, Roma, A. Nardecchia, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Giovanni Battista Amici, Roma, A. Nardecchia, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Giovanni Zanardini, [S. l., 1921.
Giovanni Battista De Toni, Luca Ghini, Roma, Attilio Nardecchia, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Notizie intorno a Giovanni Battista Venturi ricavate da lettere conservate nella Biblioteca Estense di Modena: frammenti vinciani 9., Roma, Nardecchia, 1921.
Giovanni Battista De Toni, Le piante e gli animali in Leonardo da Vinci, Bologna, Zanichelli, stampa, 1922.
Giovanni Battista De Toni, Nella ricorrenza del II centenario della morte di Antonio Van Leeuwenhoek frammenti cestoniani inediti, Roma, Casa editrice Leonardo Da Vinci, 1923.
Giovanni Battista De Toni, Alberto Grunow (1826-1914), Modena, 1924.
Giovanni Battista De Toni, Fra Paolo Sarpi nelle scienze esatte e naturali, Città di Castello, Tip. Leonardo da Vinci, 1924.
Giovanni Battista De Toni, Giambattista Venturi e la sua opera vinciana: scritti inediti e l'Essai, Roma, P. Maglione e C. Strini, 1924.
Giovanni Battista De Toni, Appunti dal carteggio inedito di Domenico Cirillo, Siena, Stab. tip. S. Bernardino, 1925.
Giovanni Battista De Toni, L'opera lichenologica di Abramo Massalongo, con 9 tavole colorate e inedite aggiornate da Alexander Zahlbruckner, Verona, La Tipografica veronese), 1933.