L'Hércules fu fondato nel 1922 da Vicente Pastor Alfosea, soprannominato El Chepa. Il debutto in Primera División avviene nel 1935, ma il periodo migliore per la società sono gli anni settanta. Nel 2010 ritorna in Primera Division dopo tredici anni di assenza. Infatti, l'ultima apparizione nella massima categoria del calcio spagnolo si è verificata nella stagione 1996-97.
Durante la campagna acquisti dell'estate 2010 ingaggia giocatori celeberrimi del calibro di David Trezeguet e Royston Drenthe, suscitando il delirio dei tifosi, già entusiasti per il ritorno nella massima serie. Alla seconda giornata conquista un clamoroso successo per 2-0 sul campo del Barcellona, squadra contro la quale aveva vinto entrambi gli scontri diretti nell'ultima stagione disputata in massima serie, e alla quinta con lo stesso risultato supera in casa un'altra compagine molto quotata come il Sevilla. Nonostante tutto questo però chiude la stagione al penultimo posto, abbandonando la massima serie appena un anno dopo la brillante promozione.
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Cronistoria del Hercules Club de Futbol
- Nel settembre del 1922 nasce l’ Hercules Club de Futbol.
1958-59 13º nel Gruppo II di Segunda División. Retrocesso in Tercera División dopo aver perso lo spareggio col CD Mestalla.
1959-60 1º nel Gruppo X di Tercera División, 2º nel Gruppo Promozione. Promosso in Segunda División dopo aver vinto gli spareggi contro CD Manacor e CD Hospitalet.
2014-15 - 4º nel Gruppo III di Segunda División B. Perde gli spareggi promozione.
2015-16 - 3º nel Gruppo III di Segunda División B. Perde gli spareggi promozione.
2016-17 - 7º nel Gruppo III di Segunda División B.
2017-18 - 10º nel Gruppo III di Segunda División B.
2018-19 - 2º nel Gruppo III di Segunda División B. Perde gli spareggi promozione.
2019-20 - 18º nel Gruppo III di Segunda División B. Retrocesso in Tercera División ma ripescato per la nuova formula del campionato di Segunda División B.
2020-21 - 4º nel "Sottogruppo B" del Gruppo III di Segunda División B. 3º nel "Gruppo 3" alla 'Promozione alla Primera División RFEF'
La squadra si esibisce di fronte al proprio pubblico nello stadio José Rico Pérez, inaugurato il 3 agosto 1974 con 29.584 posti e dimensioni di 105 x 68 m. Esso ospita anche le partite casalinghe dell'altra squadra cittadina, l'Alicante ed è stato teatro di alcune partite del Mondiale 1982.