Sungai Jubba atau Sungai Juba adalah sebuah sungai di selatan Somalia yang mengalir melalui wilayah otonomi Jubaland. Sungai ini bermula di perbatasan dengan Ethiopia, di mana sungai Dawa dan Ganale Dorya bertemu, dan mengalir langsung ke selatan, ke Laut Somali, di mana ia bermuara di titik "Goobweyn". Cekungan Jubba meliputi area seluas 749.000 km2 (289.000 sq mi). Negara bagian Somalia Jubaland, sebelumnya disebut Trans-Juba, dinamai menurut nama sungai tersebut.