Gereja Santo Rupertus adalah sebuah gereja paroki Katolik bergaya Romanesque yang terletak di Wina, ibu kota Austria. Secara tradisional gereja ini dianggap sebagai gereja tertua di Wina. Gereja Santo Rupertus didedikasikan untuk Santo Rupert dari Salzburg, santo pelindung para pedagang garam di Wina. Gereja ini terletak di salah satu bagian tertua kota, bagian Romawi Vindobona.