Danau Kyoga adalah sebuah danau dangkal besar seluas sekitar 1.720 km² dan berada pada ketinggian 914 meter. Sungai Nil Victoria mengalir melalui danau ini dalam perjalanannya dari Danau Victoria menuju Danau Albert. Air yang mengalir dari Danau Victoria diatur menggunakan Pembangkit Listrik Nalubaale di Jinja. Sumber air lainnya adalah kawasan Gunung Elgon di perbatasan Uganda dan Kenya. Meskipun Danau Kyoga merupakan bagian dari sistem Danau-Danau Besar, danau tersebut bukanlah salah satu dari Danau Besar. Danau Kwania, sebuah danau yang lebih kecil tetapi lebih dalam, terletak dekat Danau Kyoga.