Logo opening Mobile Suit Gundam SEED Destiny dengan Strike Freedom sebagai latar belakangnya.
Serial ini dimulai dengan kilas balik pada peristiwa Perang Valentine Berdarah Pertama yang berlangsung di ORB, antara Earth Alliace dan ORB Union. Shinn Asuka, beserta keluarganya berusaha melarikan diri untuk mengungsi dari wilayah perang. Tapi, saat itu, mereka terjebak di tengah pertempuran antara GAT-X131 Calamity Gundam dan ZGMF-X10A Freedom Gundam. Saat keduanya melancarkan serangan, keluarga Shinn terkena dan menjadi korban. Shinn yang saat itu sedang mengambil telepon genggam milik adiknya yang terjatuh, selamat dari maut dan ditolong oleh pasukan ORB dan diungsikan menuju PLANT.
Cosmic Era 73, representatif ORB Union Cagalli Yula Athha beserta Athrun Zala (yang menggunakan nama samaran Alex Dino) mengunjungi pangkalan militer milik ZAFT Armory One. Di sana sedang dikembangkan 3 buah prototipe mobile suit, masing-masing adalah ZGMF-X24S Chaos Gundam, ZGMF-X31S Abyss Gundam, dan ZGMF-X88S Gaia Gundam. Cagalli dan Athrun mengunjungi Armory One dan bertemu dengan Perdana Menteri PLANT sekaligus pemimpin ZAFT Gilbert Durandal, membicarakan kerjasama bidang teknologi militer antara ORB dan ZAFT. Bersamaan dengan itu, 3 orang pilot Extended menyerang dan mencuri 3 buah prototipe mobile suit tersebut. Athrun pun membantu pasukan ZAFT mencegah mereka mencuri mobile suit dengan menyereang mereka menggunakan unit yang ada. Saat keadaan Athrun terdesak, datanglah Shinn yang sudah menjadi prajurit ZAFT dengan menggunakan ZGMF-X56S Impulse Gundam, pertempuran baru pun dimulai.dan pemimpin zaft yaitu gilbert durandal menyatakan kepada dunia bahwa fredoom dan archangel sangat berbahaya bagi dunia dan dilakukan misi angel down .
Shinn Asuka Shinn Asuka adalah seorang Coordinator warga Orb yang mengungsi ketika negaranya diserang oleh pasukan Earth Alliance. Kehilangan semua sanak keluarganya ketika Freedom bertempur dengan Calamity milik Earth Alliance. Ia pun mendaftarkan dirinya menjadi pasukan ZAFT, untuk melindungi yang lemah. Dirinya merupakan karakter utama serial ini, apalagi ketika para karakter pada serial pertamanya (seperti Kira Yamato dan Athrun Zala) belum terlalu aktif dalam pengembangan cerita. Ia adalah pilot ZGMF-X42S Destiny Gundam dan ZGMF-X56S Impulse Gundam. Selain Kira dan Athrun yang berpengalaman, ia adalah satu-satunya pilot mobile suit baru yang mampu masuk ke dalam modus SEED. Diangkat menjadi anggota pasukan khusus FAITH, karena jasanya yang luar biasa. Dua kali mendapatkan penghargaan Medali Nebula karena performanya yang luar biasa di medan perang Operation Angel Down, di mana Shinn mengalahkan Kira Yamato dan ZGMF-X10A Freedom, serta penghancuran markas Earth Alliance di Heaven's Base. Usianya masih 16 tahun, dan ia termasuk salah satu kru Minerva yang paling muda, bahkan dari adik Lunamaria Hawke, Meyrin Hawke. Meski ia belum lama duduk di kokpit mobile suit, mengherankan, kemampuannya dalam mengendalikan mobile suit luar biasa. Shinn adalah pemuda yang kekanak-kanakan, keras kepala, dan ia marah pada dunia karena menjatuhkannya dalam kemalangan, sehingga ia merasa mempunyai hak untuk menciptakan dunia baru yang damai, tanpa memedulikan bahwa tidak semua hal boleh dilakukan dengan ketidakbaikan. Ia percaya jika ia punya kekuatan, maka ia tidak akan pernah lagi kehilangan orang yang disayanginya. Sejak awal bertemu dengan Athrun, Shinn sudah menunjukkan sikap tidak bersahabat. Penunjukan dirinya sebagai pilot ZGMF-X56S Impulse oleh Durandal ternyata memang ada tujuan tertentu. Dullindal sebagai ahli genetika tahu bahwa Shinn adalah satu-satunya pilot yang sanggup menyamai Kira Yamato. Sejak awal Dullindal sudah merencanakan memanfaatkan Shinn demi mencapai tujuan dan ambisi yang telah lama dipendamnya. Meskipun demikian, Shinn tidak seperti Rey Za Burrel yang terlalu 'loyal' pada Dullindal. Shinn masih mempunyai perasaan dan di balik sikapnya yang dingin dan sulit bersosialisasi, sesungguhnya ia adalah orang yang penuh perhatian pada orang di sekitarnya. Shinn juga satu-satunya pilot dalam sejarah serial Gundam SEED yang paling suka membuat orang kalang-kabut karena ulahnya, sepertinya ia juga kebal dengan yang namanya hukuman. Cara bicaranya suka membuat orang sakit hati, namun sebenarnya ia bermaksud baik. Kata-kata yang keluar dari mulutnya juga tepat pada sasaran, sehingga hati-hatilah bersikap dan berbicara padanya. Namun tak diragukan, ia adalah pemuda cemerlang jika diarahkan lebih baik.
Talia Gladys. Anggota FAITH dan kapten kapal tempur Minerva, mempunyai hubungan khusus dengan Gilbert.
Arthur Trine. Wakil kapten kapal tempur Minerva.
Heine Westenfluss. Anggota FAITH dan pilot ZGMF-2000 GOUF Ignited.
Lunamaria Hawke. Pilot ZGMF-1000 ZAKU Warrior, pada beberapa episode terakhir ia memiloti ZGMF-X56S Impulse Gundam, sangat menyukai Shinn Asuka.
Meyrin Hawke. Combat Information Center dari kapal tempur Minerva. Adik dari Lunamaria Hawke.
Rey Za Burrel. Pilot ZGMF-1000 ZAKU Phantom dan ZMGF-X666S Legend Gundam. Diangkat menjadi anggota FAITH setelah Athrun membelot kembali ke Orb. Memiliki hubungan khusus dengan Gilbert Dullindal. Merupakan kloning dari Rau Le Crueset.
Neo Roanoke. Merupakan identitas lain dari Mu La Flaga; diselamatkan oleh pihak OMNI Enforcer dan ingatannya sebagian dihapus. Dijadikan komandan perang OMNI Enforcer. Pemimpin dan berperan sebagai "ayah" dari tiga pilot Phantom Pain, terutama Stella.
Gilbert Dullindal.Gilbert terkenal sebagai chairmanPLANT yang baru, sebagai pengganti Patrick Zala.
Rau Le Creuset
Meer Campbell. Meer adalah Lacus Clyne yang palsu, karena diminta oleh Gilbert untuk menjalankan misinya sebagai Lacus Clyne, Meer pun menjalankan operasi plastik yang mengubah wajahnya menjadi sangat mirip dengan Lacus Clyne, dengan beriringnya waktu ia pun dikenal sebagai Lacus yang asli karena beberapa kali ia dan Gilbert mengadakan Konser dan pidato-pidato mengatasnamakan Lacus
