Zápotocký 1948. június 15-én lett miniszterelnök, az elnöki posztot elfoglaló Klement Gottwald helyébe lépve. 1953-ban Gottwald betegen érkezett haza Sztálin temetéséről, és március 14-én meg is halt, ekkor lett Zápotocký elnök.
Zápotocký Gottwaldnál humánusabban kormányzott, azonban a sztálinista pártfőtitkár, Antonín Novotný, Zápotockýt megkerülve érvényesítette az akaratát. A pénzügyi reform elleni tiltakozások lehetőséget adtak Novotnýnak, hogy befolyását növelje, míg végül egy moszkvai értekezleten megmondták Zápotockýnak, hogy „közösen irányítsanak”, ami ténylegesen a hatalomnak Novotný részére való átadását jelentette.
Zápotocký hivatalában maradt, amíg szívinfarktusban elhunyt 1957. november 13-án. Az elnöki székben Novotný követte őt.
Több novellát írt, pl. Vörös fények Kladno felett (Rudá záře na Kladnem).
Magyarul megjelent művei
Alapvető feladatunk – az első gottwaldi ötéves terv; Tatran, Bratislava, 1949 (Időszerű kérdések)
Új harcosok sorakozója; ford. Vozári Dezső; Népszava, Bp., 1949
Szakszervezeti mozgalom és a szocializmus építése. A szocializmust építeni annyit jelent, mint jobban gazdálkodni; Tatran, Bratislava, 1950 (Időszerű kérdések)
A szocializmus alapjainak építése Csehszlovákiában; RMP, Bukarest, 1951
A csehek és a szlovákok megújhodott nemzeti frontja, népünk szilárd szövetsége a szocialista hazáért és a békéért vívott harcban. Beszéd a Nemzeti Front Központi Akcióbizottsága bővített elnökségének ülésén Brünnben, 1952. május 15-én; A Nemzeti Front Központi Akcióbizottsága, Pozsony, 1952
Építsük a szocializmust, védjük meg köztársaságunk békéjét és önállóságát; Tatran, Bratislava, 1952 (Korszerű kiadványok)
A forradalmi szakszervezeti mozgalom 1948 februárja után; ford. Bártfai K. László, Breuer Ilona; Práca–ROH, Bratislava, 1953 (A magyar nemzetiségű szakszervezeti tagok könyvtára)
Vörös fény Kladno felett; ford. Pletrich Elemér, Pletrich Elemérné; Práca–ROH, Bratislava, 1953 (A magyar nemzetiségű szakszervezeti tagok könyvtára)
Vörös fények Kladno felett. Regény; ford. Bálint Endréné, versford. Darázs Endre; Szépirodalmi, Bp., 1953
''Lenin és Sztálin zászlaja alatt, híven Klement Gottwald művéhez, előre a szocializmushoz. A. Zápotocký, N. A. Bulganyin, V. Siroký beszédei Kl. Gottwald temetésén Prágában, 1953. márc. 19-én; Politikai Kiadó, Bratislava, 1953
A szakszervezetek egysége a szocializálásért vívott harc támasza. Gyűjtemény; ford. Koncsek László, Takács Sándor; Práca–ROH, Bratislava, 1953 (A magyar nemzetiségű szakszervezeti tagok könyvtára)
Régi módon nem élhetünk tovább; ford. Tarjáni Andor; Práca–ROH, Bratislava, 1954 (Szakszervezeti tagok könyvtára)
Viharos esztendő 1905. Visszaemlékezések és elbeszélések; ford. Pletrich Elemér; Práca, Bratislava, 1954 (Szakszervezeti tagok könyvtára)
Antonín Zápotocký köztársasági elnök újévi szózata; Politikai, Bratislava, 1954
A szakszervezeti tagokhoz. Válogatott beszédek és írások; ford. Fogarassy László; Práca–ROH, Bratislava, 1956
Barunka; ford. Gyürkő Kázmér; Szlovák Szépirodalmi Kiadó, Bratislava, 1960
Ez a szócikk részben vagy egészben az Antonín Zápotocký című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
Ez a szócikk részben vagy egészben az Antonín Zápotocký című cseh Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
