פינגווין גלאפגוס הוא פינגווין אנדמי לאיי גלאפגוס, היחיד החי באזור קו המשווה. הוא יכול לשרוד בסביבה הזו הודות לקור שמביא עמו זרם הומבולדט, וכן הודות לזרם קרומוול. היצורים הקרובים אליו ביותר הם הפינגווינים החולקים איתו את הסוג פינגווין החגורה: פינגווין שחור-רגל, פינגווין הומבולדט ופינגווין מאגלאן. מקומות חיותו העיקריים הוא האי פרננדינה שבארכיפלג גלאפגוס, וכן חופיו המערביים של האי איסבלה. אוכלוסיות קטנות יותר מפוזרות ביתר האיים.
