מתקפלת על עצמה ויוצרת מבנים שניוניים שונים, כגון tRNA, גזע ולולאה (stem and loop). קשר מימן הוא קשר כימי המאפשר את זיווג הבסיסים. עקב התכונות הגאומטריות
שעתוק דרך אינטראקציה עם חלבונים ויראליים. הוא מיוצר קשר יציב מאוד בצורת stem–loop שמורכב מ26 זוגות בסיסים עם בליטה במבנה השניוני שמתקשר עם החלבון המאקטב
הפריימרים; מציאת רצף להגברה עם קצוות שלא יצרו מבנים עצמיים יציבים בצורת Stem-loop; קומפלמנטריות נמוכה בין הפריימרים ואורך רצף בין 60 ל-200 בסיסים. לרשימה
mRNA של היסטונים, שבו אין זנב poly(A) ובמקום זאת הוא מסתיים במבנה של stem-loop ורצף עשיר בפורינים. הקומפלקס האחראי על פוליאדנילציה בגרעין של אוקריוטיים
תרגומה. uAUG – קודון התחלה. לרוב בקרה שלילית. מבנים שניוניים (כגון stem and loop) – מפריעים לסריקת ה-mRNA על ידי הריבוזום ובכך פוגעים בתרגום מסגרת הקריאה