המלחת מי תהום היא תופעה שבה חודרים מים מלוחים או מליחים לתוך אקוויפר של מים מתוקים, באופן שגורם להגדלת המליחות שלהם.
התופעה יכולה להתרחש בנסיבות שונות של מפגש בין גופי מים השונים זה מזה בהרכבם:
- שאיבת יתר מאקוויפר מים מתוקים הנמצא בסמוך לחוף הים, ועקב כך שינוי הפרשי הלחצים בינו לבין אקוויפר תת-ימי מלוח. הקטנת עומד המים המתוקים גורמת לחדירת מים מלוחים דרך הפן הביני לתוך האקוויפר היבשתי. הדבר יכול לקרות כאשר מפלס מי התהום יורד מתחת לגובה פני הים, אולם ייתכן גם כאשר המפלס גבוה מפני הים, אך נוצר תת-לחץ מקומי עקב שאיבת יתר, וזה מאפשר חדירת מים מלוחים כלפי מעלה, לתוך האקוויפר היבשתי. בחתך של הפן הביני במקום כזה מתקבלת צורה דמוית חרוט, המכונה "חרוט יניקה", דרכו "נשאבים" המים המלוחים כלפי מעלה.
- חדירת מים מלוחים מאקוויפר כלוא הנמצא מתחת לאקוויפר מים מתוקים, דרך סדקים בסלע. תופעה זו יכולה לקרות באופן טבעי בעקבות תנודות טקטוניות בעומק האדמה, אך גם בעקבות שאיבת יתר מקומית המשנה את הפרשי הלחצים בין האקוויפרים: אם במצב הטבעי עומד המים באקוויפר העליון מנע חדירת מים מלוחים מהאקוויפר התחתון, הרי שבעקבות שאיבת יתר יכול להיווצר חרוט יניקה המושך אליו מים מלוחים כלפי מעלה.
- במקווי מים רדודים, כגון בריכות דגים, בריכות חימצון וכדומה, עולה מליחות המים עקב התאיידות. אם מקווה כזה מחלחל דרך סדקים בקרקע לתוך אקוויפר הנמצא מתחתיו, תיתכן המלחת המים באקוויפר.
- בשדות מושקים באקלים חם, גורמת התאיידות מי ההשקיה לאורך זמן להמלחת הקרקע. כאשר מליחות הקרקע מגיעה לרמה שבה היא פוגעת בגידולים החקלאיים, יש הנוהגים לשטוף אותה בכמויות מים גדולות, ואז נשטפים המלחים מפני השטח לעומק, אל תוך מי התהום.
בישראל תועדו כמה וכמה מקרים של המלחת מי תהום מסיבות אלו, מרביתם באזורים שונים של אקוויפר החוף ובערבה. בחלקם אף גרמה ההמלחה להפסקת השאיבה מבארות.