Loading AI tools
חוקר ביואינפורמטיקה ישראלי מוויקיפדיה, האנציקלופדיה החופשית
רון שמיר (נולד ב-29 בנובמבר 1953) הוא פרופסור אמריטוס ישראלי למדעי המחשב, הידוע בעבודתו בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית. המייסד של מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022.
 | |
| לידה |
29 בנובמבר 1953 (בן 70) ירושלים  |
|---|---|
| מקום מגורים | ישראל |
| עיסוק | מדען מחשב |
| מקום לימודים | אוניברסיטת תל אביב, האוניברסיטה העברית, אוניברסיטת קליפורניה בברקלי |
| מנחה לדוקטורט |
ריצ'רד קארפ, אילן אדלר |
| מוסדות |
אוניברסיטת תל אביב (1987) |
| תלמידי דוקטורט |
רודד שרן, גיא קרליבך, איגור אוליצקי, חיים לינהראט, רותם שורק, מיכל עוזרי-פלטו, ירון אורנשטיין, רני אלקון, גדי קימל, דקל צור, עירית גת־ויקס, Itsik Pe'er, צביקה הרטמן, עמוס תנאי, דייוויד עמר |
| פרסים והוקרה |
|
| תרומות עיקריות | |
| מחקר בתורת הגרפים ובביולוגיה חישובית | |
  | |
רון שמיר נולד בירושלים, בנם הבכור של ורדה ורפאל שמיר, שהיו לוחמי ההגנה, ונכדו של העיתונאי ישראל שוכמן. משפחתו הספרדית של אביו גרה בעיר העתיקה בירושלים בבית ברוך מזרחי למעלה מ-400 שנה. הוריה של אמו היו חלוצים שעלו מרוסיה לישראל בעלייה השלישית בראשית שנות העשרים. יש לו שתי אחיות צעירות יותר, דפנה וגדית. שמיר גדל בשכונת רחביה ולמד בגימנסיה העברית רחביה בירושלים (סיים בשנת 1971). בתיכון הוא היה פעיל בשבט מצדה - צופי ירושלים ובאתלטיקה, ובין הישגיו זכה באליפות ירושלים בהדיפת כדור ברזל.
שמיר החל לימודי תואר ראשון במתמטיקה ופיזיקה באוניברסיטת תל אביב (1973–1975) וסיימו באוניברסיטה העברית בירושלים (1975–1977). בהמשך החל לימודים לתואר שני בחקר ביצועים באוניברסיטת תל אביב בהנחיית אורי יחיאלי, ולאחר מכן הצטרף לתוכנית הדוקטורט במחלקת IEOR באוניברסיטת קליפורניה בברקלי, שם למד בין השנים 1981–1984. עבודת הדוקטורט שלו נערכה בהנחיית ריצ'רד קרפ ואילן אדלר.
שמיר החל את הקריירה המדעית שלו[1][2][3][4] בחקר ביצועים, בחן בעיות אופטימיזציה הקשורות לתכנון ליניארי ולשיטת הסימפלקס. עבודת הדוקטורט שלו עם אדלר וקרפ עסקה בניתוח מקרים ממוצע של שיטת סימפלקס והראתה כי גרסה מסוימת של סימפלקס הייתה ריבועית במודל נתוני קלט פשוט[5]. תוצאות דומות ניתנו במקביל על ידי מייקל טוד ועל ידי אדלר ונמרוד מגידו. בהמשך עבד עם דורית הוכבאום על אלגוריתמים יעילים לבעיות אופטימיזציה מובנות.[6]
בתחילת שנות ה-90 שמיר הפנה את עיקר מרצו לתורת הגרפים האלגוריתמיים. יחד עם תלמידיו, חיים קפלן ומרטין גולומביץ', הוא חקר בעיות של כריכי גרפים[7], בעיות השלמת גרפים ומגוון בעיות הקשורות לתרשימי מרווחים[8][9]. אחד המאמרים שלו בנושא בעיית הסקה עיתית הוחל מאוחר יותר על חקר המיפוי הפיזי של ה-DNA; [10] הדבר סימן את כניסתו לתחום הביולוגיה החישובית.
שמיר השתמש במומחיות שלו בתורת הגרפים לפיתוח אלגוריתמי קיבוץ (clustering) לניתוח בעיות ביטוי גנים. המאמר הראשון שלו בתחום זה, עם ארז הרטוב, הציג את אלגוריתם הקיבוץ HCS[11]. אלגוריתם ה- CAST שלו, עם זוהר יכיני ועמיר בן דור, פורסם בשנת 1999[12] ומשך תשומת לב רבה מקהילת הביואינפורמטיקה; הטכניקות המתוארות במאמרו בנושא זה, הפכו פופולריות בניתוח נתונים גנומיים. אלגוריתם האשכולות CLICK[13] עם רודד שרן ואלגוריתם SAMBA עם עמוס תנאי ורודד שרן לדו-גלגל[14] מצויים בשימוש רחב.
ברבות הזמן, הרחיב שמיר את מחקרו כך שיכלול היבטים נוספים של ביואינפורמטיקה, כגון ניתוח רשתות ביולוגיות[15][16], סידורי גנום מחדש[17], מציאת מוטיבים רצפים[18][19], וויסות תעתיק[20][21]. כלים רבים שפותחו במעבדתו זמינים כחלק מחבילת EXPANDER[4] המספקת סביבה משולבת לניתוח נתונים ביולוגיים בעלי תפוקה גבוהה.
המחקר הנוכחי של שמיר מתמקד בניתוח אינטגרטיבי של נתונים ביו-רפואיים הטרוגניים עם תפוקה גבוהה, סידורי גנום בסרטן, ויסות גנים.
שמיר היה בוועדת ההיגוי המייסדת של כנס RECOMB[22], הכנס העיוני הראשי בביואינפורמטיקה, וכיהן בה במשך 13 שנה. הוא הקים את החברה הישראלית לביואינפורמטיקה וביולוגיה חישובית והיה נשיא החברה בין השנים 2004–2006. הוא הקים את מרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב ועמד בראשו בשנים 2006-2022, ומכהן כראש הקתדרה לביואינפורמטיקה ע"ש ריימונד ובברלי סאקלר[23]. שמיר מקדיש זמן גם לחינוך ביואינפורמטיקה. הוא כתב סיכומי הרצאות מקיפים הנמצאים בשימוש נרחב, בנושאי גנומיקה חישובית (אלגוריתמים לביולוגיה מולקולרית), ניתוח ביטוי גנים, שבבי DNA ורשתות גנים. הוא הקים את התוכנית המשותפת למדעי החיים ומדעי המחשב לתואר ראשון בביואינפורמטיקה באוניברסיטת תל אביב, וכן לימד קורסי הליבה של התוכנית ופיקח על תארים מתקדמים במסגרת תוכנית זו. כמו כן, ערך יחד עם פבל א' פבזנר את הספר "ביואינפורמטיקה לביולוגים"[24] .
שמיר נשוי למיכל אורן-שמיר, פרופסור במכון וולקני ובתו של ההיסטוריון פרופ' ניסן אורן. לרון ומיכל שמיר שלושה בנים והם מתגוררים ברחובות.
גיסו היה הבנקאי עודד ערן, וגיס נוסף הוא פרופ' חיים (חגי) פיק מהפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב.
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
