כל מחוז מחולק לנפות ועיריות, וכל נפה מחולקת לנפות משנה[2]. ראש המחוז הנבחר נקרא יושב ראש המועצה המקומית.
החל משנת 2005, ממשלת אוגנדה נמצאת בתהליך של חלוקת מחוזות חדשה, במטרה להקטין מחוזות וכך למנוע ממטות המחוזים לשמור את התקציבים אצלם, ולהזניח שטחים גדולים שברשותם[3].