A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Clasificación

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canles/Poros

1.A Canles de tipo α

  • 1.A.1 Superfamilia das Canles iónicas reguladas por voltaxe
  • 1.A.2 Canle de K+ rectificadora entrante animal
  • 1.A.3 Canle de Ca2+ receptora de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
  • 1.A.4 Canle de Ca2+ de potencial receptor transitorio
  • 1.A.5 Canle de catións de policistina
  • 1.A.6 Canle de Na+ epitelial
  • 1.A.7 Canle de catións regulada por ATP
  • 1.A.8 Proteína intrínseca maior
  • 1.A.9 Canle iónica regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
  • 1.A.10 Canle iónica regulada por glutamato de receptores de neurotransmisores
  • 1.A.11 Canle de cloruro
  • 1.A.12 Canle de cloruro organular
  • 1.A.13 Canle de cloruro epitelial
  • 1.A.14 Canle de catións non selectiva 1
  • 1.A.15 Canle de catións non selectiva 2
  • 1.A.16 Canle de Ca2+, selectiva de catións activada por estiramento de lévedos
  • 1.A.17 Canle de solutos da membrana externa dos cloroplastos
  • 1.A.18 Formador da canle de anións da membrana do cloroplasto
  • 1.A.19 Canle da matriz 2 do virus da influenza
  • 1.A.20 Canle de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
  • 1.A.21 Regulador da apoptose
  • 1.A.22 Canle iónica mecanosensible de gran condutancia
  • 1.A.23 Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia
  • 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
  • 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
  • 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
  • 1.A.27 Fosfolemman
  • 1.A.28 Transportador de urea (canle)
  • 1.A.29 Canle de urea/amida
  • 1.A.30 Superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
  • 1.A.31 Anexina
  • 1.A.32 Canle NB do virus da influenza Tipo B
  • 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canles de catións
  • 1.A.34 Canle E1 do virus Envelope
  • 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canle)
  • 1.A.36 Canle de cloruro intracelular

1.B Porinas de barril β

1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos)

1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente

1.E Holinas

1.F Poros de fusión de vesículas

1.G Poros de fusión viral

1.H Canles paracelulares

1.I Canles unidas a membranas

Non agrupados

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico

2.A Portadores (uniportadores, simportadores, antiportadores)

2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente

2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico

Non agrupados

  • Proteína transportadora mitocondrial[10]
  • Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)[11]
  • Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
  • Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
  • Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
  • Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
  • Transportadores de amonio[16]
  • Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]

3. Transportadores activos primarios

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P

  • ATPase de calcio de tipo P (cinco conformacións diferentes)[18]
  • Reguladores da ATPase de calcio fosfolamban e sarcolipina[19]
  • Transportadores ABC: BtuCD,[20] transportador multidrogas,[21] e transportador de captación do molibdato[22]
  • Translocón da vía secretora (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)[23]

3.B Transportadores impulsados por descarboxilación

3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia

3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados

  • ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns[29]

4. Translocadores de grupo

4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia

4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido

4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase

5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns

5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana

5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana

Non agrupados

6. Non utilizados

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usados

Reservado para unha futura ampliación.

8. Factores accesorios implicados no transporte

8.A Proteínas de transporte auxiliares

8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)

8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)

9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente

9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido

9.B Proteínas transportadoras supostas

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas

Exemplos

  • Regulador da condutancia transmembrana da fibrose quística—3.A.1.202.1

Notas

Véxase tamén

Wikiwand in your browser!

Seamless Wikipedia browsing. On steroids.

Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.

Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.

Chrome
Wikiwand for Chrome
Firefox
Wikiwand for Firefox