Yapeyú est une ancienne réduction guaraníe devenue ville d'Argentine fondée le 4 février ou le 4 décembre 1626 par les Jésuites Roque González et Pedro Romero, qui lui donnèrent le nom de Villa de Nuestra Señora de los Santos Reyes Magos y Yapeyú. Le mot Yapeyú vient du Guarani et signifie "fruit ouvert".