Le site Natura 2000 « Entre-côtes du Milieu » est un site d'intérêt communautaire situé dans le département du Jura, en Franche-Comté. Il s'agit d'un site à haut intérêt paysager caractérisé par de nombreux habitats naturels remarquables, dont une partie jugés prioritaires, ainsi que par une grande diversité floristique avec plusieurs types de forêts, des tourbières, des pelouses… L'importance écologique de la région est marquée par la présence de nombreux sites de protection environnementaux.