L'université Jagellon de Cracovie est fondée, sous le nom d'Akademia Krakowska, le , par le roi Kazimierz le Grand qui reçoit la permission du pape d'établir une université à Cracovie (alors capitale de la Pologne). Cependant, le Studium Generale à Cracovie ne fonctionne qu'en 1367 avec seulement trois facultés (arts libéraux, médecine et droit), le pape Urbain V ayant refusé de fonder une faculté de théologie (alors la discipline la plus noble). Le Studium Generale nait sur le modèle de l'université de Paris.
Le développement de l'université est interrompu par la mort du roi Kazimierz. Le monarque polonais suivant, Louis Ier de Hongrie, ne s'intéresse pas aux sciences, ce qui cause un long retard. Cependant, l'université est remise sur pied en 1400 par le roi Władysław Jagellon, fondateur de la dynastie Jagellon. Sa femme Hedwige (Jadwiga), couronnée «roi» de Pologne, contribue largement à cette restauration en léguant dans son dernier testament en 1399, une partie considérable de son domaine privé à l'université[5]. En 1397, elle persuade le pape Boniface IX de rétablir l'université en y intégrant la faculté de théologie. L'université de Cracovie est la seule université de Pologne jusqu’au XVIesiècle où sont fondées l’Académie de Vilnius par le roi Stefan Batory en 1578 et l’Académie de Zamość par le chancelierJan Zamoyski en 1594.
En 1473, l’imprimeur Kasper Straube de Bavière installe à Cracovie la première presse[7]. Il est suivi par Johann Haller qui établit à Cracovie son imprimerie avant 1500. Parmi les personnalités qui influencent la philologie classique, figurent Grzegorz de Sanok, Paweł de Krosno, Stanisław Grzebski et Jakub Górski[8]; l'hébreu y est aussi enseigné[9].
Au XVIesiècle, l'université commence à subir une crise. L'Académie de Cracovie se réforme trop lentement, tandis que les universités allemandes, sous l'influence de la Réforme, abandonnent les scolastiques médiévaux plus tôt. Aussi le magicien Johann Georg Faust et avant lui l'alchimiste Pan Twardowski seraient ses étudiants de l'époque. Malgré tout, l'université attire toujours des humanistes, dont des personnalités renommées comme Jan Kochanowski, Andrzej Frycz Modrzewski ou Marcin Kromer.
Tout au long de son histoire, l'université attire des milliers d'étudiants venus de toute l'Europe. Au cours de la seconde moitié du XVesiècle, près de 40% des étudiants viennent de l'étranger. Au cours des siècles, presque toute l'élite intellectuelle polonaise y est instruite.
En 1939, les Allemands mènent l'opération Tannenberg, connue aussi sous le nom d'Intelligentzaktion dont le but est l'extermination des cadres de la société polonaise. À Cracovie, au cours de la Sonderaktion Krakau, le chef de la GestapoBruno Müller demande au recteur Tadeusz Lehr-Spławiński(pl) de réunir tous les professeurs de l'université. Venus de bonne foi, ils sont arrêtés, puis déportés au camp de concentration de Sachsenhausen.
Aujourd’hui, l'université compte seize facultés, dont trois facultés de médecine regroupé dans le Collegium Medicum. Environ 50 000 étudiants s'y inscrivent chaque année, dont 65% sont des femmes[réf.nécessaire].
L'université Jagellon possède plus de 100 bâtiments. Le plus ancien est Collegium Maius construit au XVesiècle. Il abrite aujourd'hui le Musée de l'Université Jagellon et sa vaste collection d'instruments historiques en lien avec l'astronomie, la météorologie, la cartographie, la physique et la chimie.
Le Collegium Novum, bâti entre 1873 et 1887, est toujours le siège du recteur de l'université. D'autres bâtiments de valeur historique sont situés dans le centre historique de Cracovie (1ercampus) dont le Collegium Minus, le Collegium Witkowski, Collegium Iuridicum, le Collegium Broscianum, le Collegium Wróblewski et l'Arsenal de Ladislas IV.
L'adaptation de l'université aux exigences de l'enseignement supérieur et de la recherche modernes a conduit à la modernisation du 2ecampus et à la construction de l'Auditorium Maximum (en fonction depuis 2005), avec un amphithéâtre pour 1 200 personnes.
Le 3ecampus(pl) situé dans le district de Ruczaj et de Pychowice, à côté du Parc technologique de Cracovie. L'ensemble compte 100 000 m2 dévolus à l'enseignement. Il comprend des bâtiments pour les facultés des sciences de la vie, biotechnologie, biophysique, biochimie, chimie, géographie, géologie, mathématiques, physique, informatique, astronomie, gestion et communication sociale, science politique et études internationales, ainsi que le parc technologique (LifeScience Park) - un élément du Centre Jagellon de l'innovation; la plupart des bâtiments sont déjà en fonction. Une ligne de tramway a été mise en service en 2012 pour faciliter l'accès au campus[10].
Il existe également des bâtiments en dehors des campus, comme le Château de Przegorzały (Institut d'études européennes), le Parc botanique, ou le Fort Skala (Observatoire astronomique).
Casimir Morawski(pl), Histoire de l’université de Cracovie. Moyen Âge et Renaissance. Traduction de Pierre Rongier. Paris, A. Picard - Cracovie, Gebethner et Cie(pl). Vol.I, (1900), 311 p.; Vol. II, (1903), 297 p.; Vol. III, (1905), 359 p. (Index des noms propres, table analytique des matières)
Kazimierz Lepszy(pl), L'Université Jagellonne d'hier, d'aujourd'hui et de demain, Presses de l'université Jagellonne, 1964
Renata Dutkowa, L'Université Jagellonne aujourd'hui, Éditions de l'Université Jagellonne, 1990[17]
Jobert Ambroise, «L'Université de Cracovie et les grands courants de pensée du XVIesiècle», Revue d’histoire moderne et contemporaine, t.1, no3, uillet-septembre 1954, p.213-225.
Jean-Marie Mayeur, Luce Pietri, André Vauchez, Marc Venard, Histoire du christianisme, t.6: Un temps d'épreuves (1274-1449), Desclée/Fayard, , 952p. (ISBN978-2-213-02628-2), p.810.
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