SG-1 est prisonnière de Hathor, sur une planète Goa'uld où elle a recréé le décor du SGC et tente d'infecter O'Neill avec un symbiote. Le général Hammond envoie plusieurs équipes pour tenter de les sauver, mais elles sont prises au piège. Teal'c part sur Chulak pour recruter une armée pour sauver SG-1.
Selmak arrive sur Terre avec d'inquiétantes nouvelles: après une longue enquête, la Tok'ra a découvert que Seth, un Grand MaîtreGoa'uld renégat, se cache sur Terre depuis des siècles, en créant une dangereuse secte disposant d'armes Goa'uld. SG-1 et Jacob Carter partent à sa recherche.
Alors que le Capitaine Carter est promu Major, le Colonel O'Neill est enlevé par les Asgard. Ceux-ci l'informent qu'ils tentent de négocier avec les Goa'uld afin d'épargner la Terre d’une attaque des Grands Maîtres Goa'uld qui, depuis la mort de Hathor, considèrent les Tau'ri comme une menace à éliminer. Les Goa'uld Yu, Nirrti et Cronos se rendent sur Terre pour les négociations, mais au cours de celles-ci, Cronos et Teal'c sont retrouvés gravement blessés, et tout indique que Teal'c a tenté de tuer Cronos pour venger la mort de son père exécuté par le Goa'uld...
Sur PY3-948, SG-1 découvre des corps de Goa'uld qui ont défié les Grands Maîtres. Après avoir touché un artefact, Daniel commence à entendre des voix et à avoir des visions. Les tests médicaux indiquent qu'il est devenu schizophrène.
SG-1 établit des relations diplomatiques avec les habitants d'une planète qui ont accompli en quelques décennies de remarquables progrès technologiques. Un accord d'échange de connaissances est passé entre la Terre et la planète Orban. Certains enfants semblent vouloir tout apprendre, puis disparaissent mystérieusement. SG1 découvre que ce qu'ils ont appris est "transféré" dans la mémoire des adultes, puis ces enfants perdent ensuite toute personnalité, transformés en légume pour le reste de leur existence. Au risque d'un incident diplomatique, O'Neill refuse qu'une petite fille venue sur Terre pour travailler sur un générateur retourne sur sa planète pour subir ce terrible sort.
Jonathan Glassner, Brad Wright, Robert C. Cooper, Tor Alexander Valenza
Invités
Jay Acovone (Major Charles Kawalsky)
Peter Williams (Apophis)
Teryl Rothery (Dr Janet Fraiser)
Résumé détaillé
Un docteur Carter et un major Kawalski d'une réalité alternative passent à travers le miroir quantique (le même miroir que SG-1 avait trouvé sur P3R-233) et se retrouvent dans la zone 51 de «notre réalité». Transférés au SGC, ils demandent et obtiennent l'asile car, dans leur monde, les Goa'uld ont conquis la Terre. Mais la présence de deux Carter provoque des effets secondaires menaçant la vie du docteur. Par conséquent, SG-1 doit aller dans la réalité alternative pour aller demander de l'aide aux Asgards.
SG-1 est en mission d'exploration sur une planète boisée pour retrouver un drone du SGC abattu lorsqu'ils sont capturés par un chasseur de primes, Aris Boch, engagé par Sokar pour capturer un autre Goa'uld dénommé Keltar, qui complotait contre lui. Ce Goa'uld étant plus résistant qu'il n'y parait, Aris décide de s'adjoindre les services de SG-1 pour remplir son contrat. Sauf que "Keltar" affirme s'appeler Korra et être membre de la Tok'ra...
SG-1 est en mission sur une planète où ils découvrent un village doté d'une église chrétienne en suivant la piste de l'UAV. En arrivant dans le village médiéval, l'équipe effraie les villageois qui courent se cacher dans leurs demeures. Ces derniers les prennent pour des démons car ils sont venus par la Porte des Étoiles.
SG-1 découvre par hasard une équipe SG-X sous le feu de l'ennemi. SG-1 tente de leur porter secours mais l'équipe non identifiée, prenant peur, les abat. En se réveillant, SG-1 découvre que tous les habitants de cette planète sont des apprentis Jaffa... au service d'Apophis. Un incident enclenche un massacre rituel, et pour l'empêcher, SG-1 devra convaincre les apprentis Jaffa qu'Apophis est mort et qu'ils peuvent rentrer chez eux afin de reprendre une vie normale.
SG-1 se rend sur PX8-873 pour délivrer des gens d'Abydos des Goa'uld. SG-1 doit affronter de très nombreux Jaffa pendant que Daniel tente de récupérer l'enfant de Sha're. Mais celle-ci est sous le contrôle du Goa'uld qui est en elle. Teal'c est contraint de tirer sur Sha're pour sauver Daniel.
L'équipe arrive sur une planète dotée d'une technologie proche de la révolution industrielle. Les enfants et les vieillards semblent avoir totalement disparu en laissant les jeunes gens. Les habitants restants sont amnésiques et comptent sur les terriens pour les aider à comprendre ce qui s'est passé.
La Tok'ra envoie Martouf sur Terre pour annoncer à Carter que son père Jacob a vraisemblablement été capturé par Sokar, la personnification du Diable, et envoyé sur Netu, une lune de Delmak, la planète capitale de son empire; lune correspondant en tout point à l'Enfer.
La Tok'ra apprend que Sokar va se rendre sur Netu avant de lancer son offensive contre les Grands Maîtres Goa'uld, et prépare un plan afin de le tuer: comme elle ne dispose pas d'armes assez puissantes pour détruire son Ha'tak, elle va lancer une bombe thermonucléaire dans le noyau lunaire, afin de provoquer une réaction en chaîne et faire exploser Netu, détruisant ainsi le vaisseau en orbite. La bombe est lancée, mais O'Neill, Daniel, Carter, son père et Martouf sont toujours sur Netu, face à un ennemi de longue date.
De retour sur Terre après une mission en extérieur, Daniel pense avoir enfin trouvé Kheb la planète où Sha're dit avoir caché son fils Shifu. Mais la base a un problème, une fuite d'un produit toxique appelé tétrachloroéthylène causant la quarantaine du niveau 23. Le docteur Fraiser et son équipe, prétendant faire subir une procédure de routine dans ces circonstances, drogue SG-1. Teal'c et Carter découvre en se réveillant qu'une race alien a infiltré le SGC et elle se résout à demander de l'aide à un autre adversaire et la seule personne en mesure de sauver le SGC: le Colonel Maybourne.
Une bataille spatiale a lieu au-dessus de la nouvelle planète des Tollans, qui pulvérisent deux Ha'tak Goa'uld. Un appareil s'écrase et le pilote demande de l'aide aux autochtones assemblés autour du véhicule. Ce pilote n'est autre que Skaara, l'hôte de Klorel. Narim, Tollan proche de Samantha Carter, rend alors visite au SGC pour les prévenir que Skaara les demande, car une audience va avoir lieu pour déterminer s'il sera rendu à son peuple ou s'il restera sous la domination de Klorel...
SG-1 se rend sur une planète ressemblant en apparence aux paradis tropicaux sur Terre, mais ils reviennent plusieurs heures après être partis, sans avoir conscience du temps qui s'est écoulé et des événements qui se sont déroulés durant ce blanc dans leur mémoire. De plus, ils sont victimes d'une hallucination commune: ils voient et entendent un certain Urgo.
L'équipe débarque sur une planète habitée par des paysans. Ils apprennent qu'à cette époque de l'année une "pluie de feu" peut être observée durant la nuit. Tout tourne mal lorsque les météores menacent de destruction le village et ses habitants. Ceux-ci sont évacués sur Terre, mais O'Neill ainsi que les habitants qui ont préféré rester sont séparés de leurs proches car le seul accès à la Terre, la Porte des étoiles, a disparu lors de la tempête de météores.
SG-1 rend à nouveau visite aux Tollan afin de leur proposer des échanges: des technologies contre le savoir des humains. Les Tollan refusent à nouveau et O'Neill décide de voler un appareil qui permet de désactiver toute arme qui passe devant. Les actions du colonel semblent de plus en plus erratiques et irréfléchies: O'Neill refuse d'admettre qu'il a tort et ne veut pas rendre l'appareil ni même s'excuser auprès des Tollan lorsque ceux-ci viennent sur Terre. Son comportement jugé inadmissible lui vaut une retraite d'office et une invitation à rejoindre le Colonel Maybourne et le NID, invitation qu'il accepte.
Sur une autre planète, des archéologues découvrent un anneau de pierre coincé dans des strates de roche et le dégagent. C'est alors que la porte s'active et qu'un MALP en sort. Les archéologues prennent contact avec le SGC et invitent SG-1 à passer la porte. Mais lorsque SG-1 arrive de l'autre côté, l'un des scientifiques prend peur et appelle la sécurité qui arrête SG-1. Celle-ci refuse d'entendre quoi que ce soit au sujet de la porte, jugeant que ce sont des blasphèmes vis-à-vis des croyances de leur peuple…
Bra'tac contacte le SGC et dit savoir où se trouve Kheb et l'enfant Harsiesis. SG-1 et Bra'tac sont envoyés en mission et trouvent sur la planète un temple d'architecture bouddhiste habité par un moine au discours métaphorique. Le moine ne répond directement à aucune question, et insiste qu'il faut croire en Oma Desala afin d'accomplir ce que l'on veut. Daniel Jackson prend le temps de parler avec le moine, qui lui enseigne "la magie". Grâce à ça, Daniel trouve le bébé de Sha're. Il est protégé par une sorte de halo vivant qui permettait à Daniel de faire de la magie pour communiquer avec lui. L'équipe SG-1 se fait attaquer par un groupe de Goa'uld, mais est sauvée par l'âme qui protège le bébé. Daniel décide de laisser le bébé à l'âme pour le protéger.
SG-1 trouve un crâne de cristal semblable à celui découvert à Belize dans une pyramide Maya par Nicholas Ballard, le grand-père de Daniel. Mais lorsque Daniel regarde le crâne dans les yeux, il est transporté dans une autre dimension et disparaît devant le reste de SG-1. Le SGC décide de contacter Nicholas Ballard, interné dans un asile, afin de savoir comment retrouver Daniel.
O'Neill est de nouveau téléporté à bord d'un vaisseau Asgard mais cette-fois, Thor lui explique que les Réplicateurs que le Colonel aperçoit dans le vaisseau sont les pires ennemis des Asgard, ainsi que du reste de l'Univers. O'Neill contacte le SGC et demande de l'aide afin de détruire le vaisseau en orbite autour de la Terre qui menace de se poser à tout moment.