La saison 2008-2009 de l'AEL Larissa débute le . Elle se terminera le avec la fin du championnat de Super League Ellada lors de la 30ejournée. Cependant, une phase finale de championnat a lieu dite de « Play-off » avec 6 matches.
L'AEL reprend la nouvelle saison avec une série de matches amicaux à Karpenísi. Ils permettent de tester les nouvelles recrues et surtout de fixer de nouvelles bases pour le nouvel entraîneur Marinos Ouzinidis.
L'AEL ressort des tests à Karpenísi en rodage. Quelques défaites démontrent des réglages à faire par l'entraîneur. Les tests en Italie sont porteurs malgré un revers. La victoire 2-0 au Panthessaliko stadium dans une ambiance électrique, contre l'Olympiakos Volos dévoile une équipe solide qui se construit solidement autour de ses nouvelles recrues.
L'AEL commence le championnat en prenant 4 points en deux journées. Cependant, la défaite à Alkazar contre Xanthi signe une période difficile pour le club. En effet, 9 points sont pris en 9 matches. Les matches nuls et les défaites s'enchainent. Les recrues de l'été ne sont pas dans les plans de l'entraineur. C'est avant la trêve hivernale que l'équipe reprend confiance après la défaite contre le PAOK sous une pluie batante.
L'AEL enchaine de meilleurs matchs dans une confrontation plus qu'encourageante contre les leaders du championnat. Le match nul 1-1 ne reflète pas la réalité du match mais les matches suivants 8 points en 4 matches.
Le match nul est arraché par le Panserraikos Serres 1-1 malgré une domination des Vissini. 2 points leur échappent à 1 minute de la fin du match. Ce match voit également la titularisation de l'international grec venu de Bolton: Giannakopoulos.
L'AEL conforte sa position dans le rôle de prétendant aux plays-offs, elle écarte l'ARIS pour la cinquième place au classement. L'équipe Thessalienne enchaîne de bons résultats dans son antre, mais subit un revers lourd au Panathinaïkos (3-0). Zurawski devient le meilleur buteur du club et des buts décisifs dont un contre l'Olympiakos à l'avant dernière journée à l'OAKA.
L'AEL remporte le match 1-0 à Levadeia et conserve sa place de 5e au championnat en devançant l'Aris Salonique qui avait su renverser le match contre Komotini 3-2. L'AEL garde une longueur d'avance et se qualifie ainsi pour la phase finale du championnat.
La phase finale du championnat est difficile pour l'AEL qui perd ses trois matches contre les trois autres équipes: AEK (2-3), PAOK (0-2) et Panathinaïkos (1-3). L'AEL pourra que très difficilement contesté sa place envers ses adversaires.
C'est logiquement que l'AEL termine dernier des Play-Off avec deux nuls et quatre défaites. L'AEL reste cependant qualifiée pour la Ligue Europa qui remplacera la saison prochaine l'actuelle coupe de l'UEFA et la coupe additionnelle Intertoto. L'AEL se hisse parmi les 5 meilleures équipes grecques après l'Olympiakos, le Panathinaïkos, l'AEK et le PAOK.
Marinos Ouzinidis (Μαρίνος Ουζουνίδης) est le nouvel entraîneur de l'AEL depuis la saison 2008-2009. Il remplace Giorgos Donis qui a su mener l'équipe de l'AEL de la Deuxième division à la qualification en coupe de l'UEFA en remportant la COupe de Grèce en 2007.
Marinos Ouzinidis a commencé le football en Thrace, à l'Ethnikos Alexandroupolis avant de signer professionnel à Skoda Xanthi. Il a pu ensuite regagné la capitale en venant jouer à l'AEK Athènes, lui permettant de remporter 7 titres soit 2 championnats et 3 coupes de Grèce.
Il a tenté l'expérience au Havre en 1997 avant de revenir jouer pour le Paniliakos.
Il prit la tête de l'équipe de l'APOEL Nicosie à Chypre en 2003 en tant qu'entraîneur.
Georgios Karagiannis (Γιωργός Καραγιάννης) est l'entraîneur-adjoint de Marinos Ouzinidis. Il est né à Itéa (Nome de Grevena). Il a étudié les sciences sportives et Physiques à l'université de Thessalonique et a obtenu le diplôme national TEFAA. Ensuite, il a suivi un enseignement spécialisé au football à Cologne en Allemagne. Il poursuit une formation de master à l'université de Sarajevo en Bosnie.
Christos Mourikis (Γρηγόρης Γεωργίτσας) est chargé de l'entraînement physique. Il est diplômé de sciences sportives et physiques. A été athlète (400m) et joueur à Messine (Péloponnèse). Il a été attaché à la préparation physique de clubs de football avec les équipes de Leonidiou, Olympiakos, APOEL Nicosie, APOP Kinyras, Panionios.
Christos Maichaïl (Χρήστος Μιχαήλ) est l'entraîneur des gardiens de but depuis 5 ans. Il est un ancien joueur de l'AEL pour laquelle il a tissé de forts liens avec l'équipe « Vissini ». Il est l'ancien gardien de but de la grande équipe de Larissa qui a gagné en 1988 le titre de champion de Grèce. A joué 262 matches de haut niveau dans sa carrière.