Mühlhausen est un nom utilisé pour 27 localités en Allemagne :
- Mühlhausen, commune de l'arrondissement de Rhin-Neckar (Bade-Wurtemberg)
- Mühlhausen, bourg de l'arrondissement d'Erlangen-Höchstadt (Bavière)
- Mühlhausen, commune de l'arrondissement de Neumarkt in der Oberpfalz (Bavière)
- Mühlhausen im Täle, commune de l'arrondissement de Göppingen (Bade-Wurtemberg)
- Mühlhausen/Thüringen, ville de l'arrondissement d'Unstrut-Hainich (Thuringe)
- Mühlhausen an der Enz, quartier de la ville de Mühlacker dans l'arrondissement de l'Enz
- Mühlhausen (Hegau), quartier de la commune de Mühlhausen-Ehingen dans l'arrondissement de Constance
- Mühlhausen am Neckar, quartier de la ville de Stuttgart
- Mühlhausen Basse-Bavière, quartier de la ville de Neustadt an der Donau dans l'arrondissement de Kelheim
- Mühlhausen Souabe, quartier de la commune d'Affing dans l'arrondissement d'Aichach-Friedberg
- Mühlhausen Vogtland, quartier de la commune de Bad Elster dans l'arrondissement du Vogtland
- Mühlhausen Waldeck, quartier de la commune de Twistetal dans l'arrondissement de Waldeck-Frankenberg
- Mühlhausen an der Würm, quartier de la commune de Tiefenbronn dans l'arrondissement de l'Enz
- Mühlhausen bei Homberg, quartier de la ville de Homberg (Efze) dans le district de Schwalm-Eder
- Mühlhausen bei Ingolstadt, quartier de la ville d'Ingolstadt
- Mühlhausen bei Schweinfurt, quartier de la commune de Werneck dans le district de Schweinfurt
- Mühlhausen bei Schwenningen, quartier de la ville de Villingen-Schwenningen dans le district de Schwarzwald-Baar
- Mühlhausen bei Unna, quartier de la ville de Unna
- Mühlhausen bei Würzburg, quartier de la commune de Estenfeld dans le district de Würzburg
- Mühlhausen, quartier de la ville de Wiehl dans le district de Oberbergischen Kreis
- Mühlhausen, quartier de la commune de Breuberg dans le district de Odenwald
- Mühlhausen, quartier de la commune de Eberhardzell dans le district de Biberach
- Mühlhausen, quartier de la commune de Kastl dans l'arrondissement d'Amberg-Sulzbach
- Mühlhausen, quartier de la commune de Mengkofen dans le district de Dingolfing-Landau
- Mühlhausen, quartier de la commune de Nußdorf am Inn dans le district de Rosenheim
- Mühlhausen, quartier de la commune de Oberstadion dans le district de Biberach
- Mühlhausen, quartier de la commune de Tacherting dans le district de Traunstein
- Mühlhausen (dragueur de mines), dragueur de mines de la Marine allemande.