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La desserte E fonctionne 24 heures sur 24 et son parcours classique relie la station de Jamaica Center – Parsons/Archer, dans le Queens, au World Trade Center, dans le sud de Manhattan. Elle fonctionne en omnibus à Manhattan, et en express (arrêt seulement dans les stations principales) sur l'IND Queens Boulevard Line dans le Queens. Pendant les heures de pointe, la desserte est prolongée jusqu'à métro rejoint 179th street dans le quartier de Jamaica (Queens), afin de supplanter la ligne F, et après minuit, la Ligne E fonctionne en omnibus dans le Queens (stations en gris foncé dans le tableau ci-dessous).
Matériel Roulant
La ligne E comporte seulement des R160.
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