Un ouvrage collectif a été publié en son honneur en 2022[6].
La Trinité créatrice, Trinité et création dans les commentaires aux Sentences de Thomas d'Aquin et de ses précurseurs Albert le Grand et Bonaventure, Paris, Vrin, 1995.
Thomas d'Aquin, Traités: Les raisons de la foi, Les articles de la foi et les sacrements de l'Église, Paris, Cerf, 1999.
Trinity in Aquins, Sapientia Press, Ypsilanti, 2003.
La théologie trinitaire de saint Thomas d'Aquin, Paris, Cerf, 2004[7],[8],[9].
Trinity, Church, and the Human Person, Thomistic Essays, “Faith and Reason: Studies in Catholic Theology and Philosophy”. Sapientia Press, Naples 2007.
La Trinité, Introduction théologique à la doctrine catholique sur Dieu Trinité, Paris, Cerf, 2009[10].
Présence de Dieu et union à Dieu, création, habitation par grâce, incarnation et vision bienheureuse selon saint Thomas d'Aquin, Paris, Parole et Silence, 2017.
Nicole Awais, Benoît-Dominique de La Soujeole et Doris Rey-Meier, Une théologie à l'école de saint Thomas d'Aquin: hommage au prof. Gilles Emery op à l'occasion de ses 60 ans, Paris/Fribourg (Suisse)/58-Clamecy, les Éditions du Cerf "Studia Friburgensia", , 718p. (ISBN978-2-204-14945-7, lire en ligne)
Annie Noblesse-Rocher, «Gilles Emery, La Théologie trinitaire de saint Thomas d’Aquin, (Théologies) Paris Cerf, 2004», Revue d'Histoire et de Philosophie religieuses, vol.85, no3, , p.491–491 (lire en ligne, consulté le )