En 1908, il succède à Hans Olde à la tête de l'École des beaux-arts de Weimar, qu'il quitte en 1916. Parmi ses élèves ayant accédé à une renommée internationale, on compte Georg Harms-Rüstringen(de) ainsi que (à l'époque de Worpswede) Paula Modersohn-Becker.
Entre 1933 et 1935, Mackensen dirige la Nordische Kunsthochschule (École d'art nordique), de l'actuelle École supérieure des arts de Brême(de).
Rolf Hetsch: Fritz Mackensen. Zum 75. Geburtstag des Künstlers. In: Die Kunst im Dritten Reich. Bd. 5 (1941), Folge 4, April, S. 120–127.
Fritz Mackensen: Gerd Klindworth, Betas Sohn. Otto Meissners Verlag, Schloss Bleckede a. d. Elbe 1947.
Hans Wohltmann: Mackensen, Fritz. In: Otto Heinrich May (Hrsg.): Niedersächsische Lebensbilder, Bd. V, 1962, S. 208.
Ulrike Hamm: Studien zur Künstlerkolonie Worpswede 1889–1908 unter besonderer Berücksichtigung von Fritz Mackensen. Dissertation, München 1978.
Kai Artinger: Fritz Mackensen und die Genremalerei als authentische „Rasse-Darstellung“ / Fritz Mackensen und die Kunstpolitik und Propaganda der Nationalsozialisten. In: Strohmeyer/Artinger/Krogmann: Landschaft, Licht und niederdeutscher Mythos. Die Worpsweder Kunst und der Nationalsozialismus. VDG, Weimar 2000, (ISBN3-89739-126-0), S. 130–168