Il réussit à faire représenter plusieurs de ses opérettes, mais il ne connaît le succès lors de la création de son opérette Der Vielgeliebter au Berliner Theater am Nollendorfplatz en 1919. Son œuvre la plus célèbre est l'opérette Der Vetter aus Dingsda (1921) dont beaucoup d'air sont toujours connus aujourd'hui.
En 1926, quand son opérette Lady Hamilton a été créée à Breslau (aujourd'hui Wroclaw), il entreprend une longue amitié avec le chef d'orchestre Franz Marszalek. Marszalek est un fervent défenseur de la musique de Künneke, et pendant son contrat à la Westdeutscher Rundfunk de Cologne (1949-1965), il fait de nombreux enregistrements de ses œuvres avec l'Orchestre de la Radio de Cologne et l'Orchestre symphonique de la WDR de Cologne.
Bien que reconnu pour ses opéras et opérettes, le catalogue complet de Künneke présente d'autres genres musicaux, notamment plusieurs quatuors à cordes et deux concertos pour piano.
1936: Till Eulenspiegel: Wie Eulenspiegel sich einmal erbot, zu fliegen
1937: Wie der Hase läuft
1938: Der nackte Spatz
1938: Peter spielt mit dem Feuer
1939: Tanzendes Herz
1943: Wenn der junge Wein blüht
1950: Hochzeit mit Erika
1953: Der Vetter aus Dingsda
1954: Glückliche Reise
Musique orchestrale
Trois morceaux pour orchestre, opus 7, d'après le roman Flegeljarhe de Jean Paul.
Jagd-Ouvertüre, opus 8.
Tänzerische Suite, pour jazz band et grand orchestre, opus 26, créée en 1929.
Concerto pour piano no1 en la bémol majeur, opus 36.
Biedermeier Suite, pour orchestre (c. 1942)
Sérénade pour orchestre
Zigeunerweisen (Airs bohémiens) pour orchestre
Concerto pour piano no1 opus 36: Tiny Wirtz (piano) & Rundfunkorchester des Südwestfunks, direction: Wlodzimierz Kamirski - Koch Schwann 3-1372-2 H1 (1992)
Concerto pour piano no1 opus 36; Zigeunerweisen & Sérénade: Oliver Triendl (piano) & Orchestre de la Radio de Munich, direction: Ernst Theis - CPO 555 015-2 (2017)
Otto Schneidereit(de): Eduard Künneke, der Komponist aus Dingsda. Henschel, Berlin 1978.
Kay Weniger: Das große Personenlexikon des Films. Die Schauspieler, Regisseure, Kameraleute, Produzenten, Komponisten, Drehbuchautoren, Filmarchitekten, Ausstatter, Kostümbildner, Cutter, Tontechniker, Maskenbildner und Special Effects Designer des 20. Jahrhunderts. Band 4: H – L. Botho Höfer – Richard Lester. Schwarzkopf & Schwarzkopf, Berlin 2001, (ISBN3-89602-340-3), S.512.
Fred K. Prieberg: Handbuch Deutsche Musiker 1933–1945. CD-ROM-Lexikon, Kiel 2009, 2e édition, p. 4315–4319. online
Oswald Panagl(de): Zwischen den musikdramatischen Genres: Eduard Künnekes Die große Sünderin. Dans: Im Zeichen der Moderne. Musiktheater zwischen Fin de Siècle und Avantgarde. Hollitzer Verlag, Wien 2020, (ISBN978-3-99012-902-9), p.396–402.