Il n'a que neuf mois à la mort de son père, en 1490[1],[2]. Le jeune duc est élevé par Merle de Plosasque, amiral de Rhodes en 1485, et son parent Corin de Plosasque, archevêque-comte de Tarentaise. La régence est assurée par sa mère, Blanche de Montferrat[1]. Celle-ci eut du mal à s'imposer face aux seigneurs savoyards et notamment à Philippe de Bresse. D'autre part, le roi Charles VIII de France dut traverser ses états pour mener ses campagne d'Italie. Sa mort à l'âge de six ans à la suite d'une chute de son lit —«[il] tomba de son lit ou d'une escabelle et mourut[5]»— met fin à cette période de troubles et son grand-oncle Philippe de Bresse lui succède[1].
Charles-Jean-Amédée de Savoie meurt en 1496[1]. Son corps est inhumé dans l'église Notre-Dame de Moncalieri (Piémont)[6].
Charles-Jean-Amédée de Savoie a été appelé Charles II dans l'historiographie traditionnelle savoyarde[7],[2],[4], reprenant la numérotation de Guichenon (XVIIesiècle) qui désignait le duc Charles (1504-1553) sous le nom de Charles III[8]. Toutefois, Guichenon n'utilise pas le nom de Charles II pour désigner Charles-Jean-Amédée[3].
Cependant, cette appellation est remise en cause par l'historiographie récente, tant française que suisse ou encore italienne, qui utilise le nom de Charles Jean Amédée, réservant celui de Charles II au duc qui règne de 1504 à 1553.
Ainsi les fait historiques suivants semblent valider cet distinction entre Charles-Jean-Amédée et Charles II:
de nombreux auteurs l'appellent bien Charles-Jean-Amédée et réservent l'appellation Charles II au duc Charles qui a régné de 1504 à 1553 et qui se faisait appeler Charles le Second[9];
qu'il ne s'appelait pas Charles, mais Charles-Jean-Amédée et qu'il était donc le premier de la lignée des Charles-Jean-Amédée et ne pouvait être le second de la lignée des Charles de Savoie[réf.nécessaire];
qu'il ne s'est jamais fait appeler Charles II, ses monnaies affichant au contraire son prénom complet Karolus Iacobus Amedeus ou en abrégé K I A, et non Carolus II[10];
les monnaies de Charles II (1503-1544) mentionnent tout au long de son règne CAROLVS II ou KAROLVS SECUNDUS (même référence que ligne précédente)[11].
Thalia Brero, Les baptêmes princiers: le cérémonial dans les cours de Savoie et de Bourgogne (XVe-XVIe s.) - Volume 36 de Cahiers lausannois d'histoire médiévale, Université de Lausanne, Section d'Histoire, Faculté des Lettres, , 468p. (ISBN978-2-94011-049-0), p.38.
Paolo Cozzo, «Stratégie dynastique chez les Savoie: une ambition royale, XVI-XVIIIesiècle», dans Juliusz A. Chrościcki, Mark Hengerer, Gérard Sabatier, Les funérailles princières en Europe, XVIe – XVIIIesiècle: Volume I: Le grand théâtre de la mort, Les Editions de la MSH, , 412p. (ISBN978-2-73511-686-7, lire en ligne), p.228-229 (Carte).
Claude Genoux, Histoire de Savoie, Piemont et Sardaigne, 1853;
Joseph Dessaix, La Savoie historique, pittoresque, statistique et biographique, J. Perrin, 1854, p.463;
Victor Flour de Saint-Genis, Histoire de Savoie, d'après les documents originaux, Bonne, Conte-Grand et Cie éditeurs, Chambéry, 1869, Vol.1, p.481, «l'héritier de Charles Ier était un enfant de neuf mois Charles II» (lire en ligne);
Albert de Montet, Dictionnaire historique des Genevois et des Vaudois, vol.2, Lausanne, Georges Bridel éditeur, 1877-1879 (lire en ligne), p.481;.
Georges Doublet, historien niçois, «Le mariage du duc Charles II et de l'infante Béatrice de Portugal», revue Nice historique, n° 195, p.105 s.
Eugène Caïs de Pierlas, historien niçois, «L'Hôtel des Monnaies à Nice», Bull. de la Soc. niçoise des Sc. nat., hist. de Géogr., 1886, p. 6: évoque une patente des privilèges donnée par "Charles II le 10 janvier 1544",
Nice et son comté (1200-1580), témoignages et mémoires, descriptions et chroniques médiévales. Ouvrage collectif publié par la Délégation patrimoine historique de la Ville de Nice, Mémoires millénaires éditions. 2010. Textes anciens sélectionnés par l'historien Hervé Barelli. La plupart des auteurs utilisent Charles II. Dans son étude "Nice au XVIè siècle ou la création d'une place-forte moderne" Marc Bouiron, archéologue de la Ville de Nice, évoque "le règne de Charles II (1504-1553)" (p. 11). Il en fait de même en p. 306 dans son étude "François de Belleforest, Comosgraphie universelle". Josiane Rieu (Université de Nice Sophia-Antipolis) étudie un texte de 1538 et mentionne "le duc de Savoie Charles II" dans sa communication "Le poète et le prince" (p. 139). Blythe Alice Raviola (Université de Turin) évoque "Charles II et son fils Emmanuel-Philibert" (p. 175). Dans une longue présentation d'un document, Hervé Barelli retient Charles II (p. 167, étude sur Pierre Lambert, seigneur de la Croix), bien qu'il mentionne en p. 178 "en 1504, à l'accession de Charles III au trône de Savoie" ou encore en p. 181 "Philippe de Savoie, frère cadet de Charles III". En p. 237, il ne donne pas du Charles II au "petit Charles-Jean-Amédée de Savoie qui régnait nominativement lors du passage de Charles VIII, sous la régence de sa mère, Blanche de Montferrat", mais il évoque en note 135 "Philippe II, père des ducs Philibert II et Charles III". En p. 240, il précise que "le duc Philippe de Bresse devint duc à la mort de son neveu le petit Charles-Jean-Amédée en 1496" (il ne dit pas à la mort de Charles II).
Claude Genoux, Histoire de Savoie, Rééditions: La Fontaine de Siloé, Montmélian 1997, (ISBN284206044X) «Charles-Jean-Amédée ou Charles II» p.237-241.
Samuel Guichenon, Histoire généalogique de la Royale Maison de Savoie ou Histoire généalogique de la Royale Maison de Savoie justifiée par titres, fondations de monastères, manuscrits, anciens monumens, histoires, et autres preuves authentiques, chez Jean-Michel Briolo, (lire en ligne), p.584-588..
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