Pris de pitié par Tom qui n'arrive pas à apprendre ses leçons d'Histoire, Willow utilise sa baguette pour faire pénétrer tous les livres scolaires de son fils dans son cerveau afin de le rendre bien plus intelligent que sa maîtresse. Quand son mari Grégor le remarque, il lui demande de remettre tout en ordre, mais pendant l'opération, celle-ci stocke sa mémoire dans le miroir de sa chambre, et croit qu'elle vit toujours dans le monde féerique. Une série d'aventures palpitantes attend Tom et sa famille.
À l'école, Tom doit faire un exposé avec ses camarades de classe et doivent travailler ensemble chez lui. Mais cependant, étant donné que sa famille est magique, ça ne sera pas de tout repos et il doit utiliser la baguette de sa mère pour faire apparaitre des parents normaux pendant que ses vrais parents sont au cinéma.
Grégor est soupçonné par sa famille d'avoir mangé les voisins car ils n'étaient plus chez eux. Grégor pénètre chez eux pour prouver son innocence mais accidentellement, il manque de dévorer le perroquet des voisins sous les yeux de sa famille. Tous les habitants postent des affiches pour rechercher Grégor qui a été emprisonné alors que les voisins sont rentrés chez eux. La police a libéré Grégor pour son innocence prouvée par Willow.
À l'école, Tom est accusé d'avoir volé un jeu vidéo. Grégor ne peut pas aller le chercher car Willow a transformé ses mains dans une petite dispute. C'est donc Férocia qui doit aller le chercher, très contente et doit voir avec Tom un psychologue qui vient visiter leur maison. Tom fait passer Grégor pour le mari de Férocia et Willow pour la femme de ménage, ce qui enrage Willow.
Cindy est amoureuse de Lorenzo, mais le jour où il débarque chez les Féerique pour donner des cours d'italien à Tom, elle se ridiculise complètement devant lui. Pour qu'il s’intéresse à elle, elle transforme Tom en grand garçon qui fait charmer toutes les filles de l'école mais à certain moment, il se retransforme en petit garçon de 10 ans. Après l'école, il invite sa maîtresse au bowling et se retransforme en petit garçon et c'est à ce moment-là que Lorenzo dit à Cindy qu'il n'a jamais été italien, ce qui la fait enrager.
Edwin, le petit frère de Willow et de Férocia vient chez Willow pour lui dire pardon de toutes les choses désagréables qu'il lui a faites car il était un escroc. Willow ne lui fait plus confiance et le rejette. Pour prouver à Willow qu'il n'est plus un escroc, Edwin échange de la poudre magique qui n'est que de la poussière contre de l'argent à Grégor. Furieux d'avoir été volés, Grégor et sa famille ont récupéré l'argent que Edwin avait pris et Willow se réconcilie avec lui pour avoir été méchante avec lui et de ne pas lui avoir fait confiance.
Pour éviter que Cindy ne se ridiculise à son concours de chant, sa mère lui jette un sort qui tourne mal. Au même moment, Tom et Monseigneur forment un duo de ventriloques qui ne marche pas très longtemps à la suite d'une dispute mais ils finissent par se réconcilier. Pendant ce temps, Cindy avec sa voix d'homme participe à un spectacle avec Tom et Monseigneur, les deux ventriloques. En plein milieu du spectacle, Willow redonne à Cindy sa voix d'origine et le spectacle tombe à l'eau mais Cindy est contente d'avoir retrouver sa voix.
Tom et Jojo ont le droit de camper dans le jardin à une condition, qu'ils lavent le linge sale. Tom se trompe et utilise la poudre magique de Willow à la place de la lessive. Un monstre du linge apparaît alors et les deux garçons jouent les super héros. Finalement, le héros de Jojo, sortit d'une bande dessinée, lave le linge sale et Tom, accompagné de Jojo, rentre chez lui lorsqu'il voit Willow lancer des confettis avec un chapeau de fête pour fêter leur retour.
Les murs de la maison tremblent sous les hurlements de souffrance de Grégor. Il a une rage de dents épouvantable mais il a peur d'aller chez le dentiste. Tom l'accompagne chez le dentiste et Grégor endort le dentiste accidentellement pendant que le jeune garçon dans la salle d'attente le prend pour un fou. C'est alors que surgissent dans la salle d'attente Willow et Mildred sa cousine, la fée des dents qui a été appelée pour lui soigner sa rage de dent épouvantable.
Parce qu'elle a pitié d'eux, Willow vole les nains de jardin que monsieur Lumberg a fièrement posés sur sa pelouse. Willow leur redonne vie grâce à sa magie mais ces nains de jardins sont affreux, fainéants et surtout méchants car ils ne cesse de détruire la maison. Pour se faire pardonner, les nains envoient la famille pique-niquer et au retour, les nains ont volé la maison. Tom a décidé de construire un char de Blanche Neige pour les faire sortir et les nains sont tombés dans le piège et ont fini dans le film Jurassique Parc alors qu'il s'attendaient à atterrir dans le film Blanche-Neige.
Grégor s'est trompé sur la date anniversaire de leur rencontre et Willow, furieuse, lui renvoie son bouquet de fleurs à la figure. Tom et Cindy décident d'œuvrer à la réconciliation de leurs parents en leur rappelant leur rencontre dans le monde féerique, ce qui les a réconciliés et ils sont donc aller à la piscine pour fêter ça.
Tom demande un chien en échange de ses bonnes notes mais l'animal confond la baguette magique avec un bout de bois et se met de la poudre magique sur la langue ce qui fait que chaque personne et les objets léchés se transforment en quelque chose. Puis, accidentellement, Monseigneur et le chien échangent de corps. Tom et Willow doivent aller au chenil pour échanger leur corps qui s'est fait très rapidement.
Les parents de Grégor se rendent dans le monde réel pour la grande chasse que doit faire Tom. Mais Grégor a menti à ses parents et leur a dit que sa famille s'est convertie à «l'ogrisme».
Le grand-père de Willow remarque que l'un de ses arrière petits-enfants a des pouvoirs magiques, il se rend sur place pour donner quelques leçons à Tom, cependant, c'est Cindy qui a des pouvoirs magiques. Grégor, quant à lui, est très inquiet car il croit que Férocia a retrouvé ses pouvoirs.
Jojo se fait voler son MP3 par Max, un grand. Tom jure de le récupérer. Il se rend donc invisible. La mission réussit, mais Tom ne parvient plus à redevenir visible. Les membres de sa famille vont devoir, tour à tour, aller à l'école à sa place.
Tom en a marre de vivre avec une famille magique et veut se débarrasser de la baguette magique afin que sa famille devienne «normale». Il prend alors la décision de l'enterrer.
Oncle Dji emmène par inadvertance un œuf de dragon qui éclot juste à ce moment-là, Tom demande alors à le garder, mais les choses tournent mal lorsque le dragon se met à grandir.
Pour ce faire un peu d'argent, Cindy décide de baby-sitter un bébé, mais celui-ci n'est pas d'humeur très amicale, Cindy demande alors de l'aide à son petit frère Tom pour venir l'aider.
Dji vient garder les enfants. Pendant qu'il dort, Tom et Cindy en profitent pour réaliser quelques souhaits, ce qui va avoir des conséquences dramatiques.
Tom, Férocia et Monseigneur déchirent le livre de magie. À cause de ça, Willow, Grégor et Cindy deviennent inanimés. Il faut un prince pour les sauver. Cependant, si le baiser du prince fonctionne avec Cindy, avec les autres, c'est un échec.
Harcelé par sa sœur Cindy, et accusé à tort par son père, Tom utilise le livre magique de sa mère pour faire disparaître son aînée pendant un bout de temps. Malheureusement, la formule s'avère avoir trafiqué le cours de l'Histoire pour faire en sorte que personne ne se souvienne de Cindy, et l'esprit de celle-ci essaye de se venger de son frère. Tom doit trouver un moyen de faire revenir sa sœur, mais ça s'avère bien plus difficile que prévu.
Tandis que Tom et Cindy sont bien intégrés dans le monde réel, Willow, Férocia, Grégor et Monseigneur s'ennuient. Ils décident alors de rentrer dans le monde féerique mais Tom et Cindy sont très opposés à ce retour. Afin de leur faire aimer le monde réel, ils tentent d'améliorer, à l'aide de la baguette magique, la vie des adultes et si le plan s'avère fructueux dans un premier temps, il tourne vite à la catastrophe. Les enfants font alors en sorte que les adultes détestent le monde féerique.