Marguerite d'Autriche est le nom porté par plusieurs princesses de la maison de Babenberg et de Habsbourg :
- Marguerite d'Autriche (1204-1266), reine de Germanie puis reine consort de Bohême, fille de Léopold VI d'Autriche, duc d'Autriche et de Styrie, et de Théodora Angelina, épouse de Henri II de Souabe puis d'Ottokar II de Bohême ;
- Marguerite d'Autriche (1395-1447), fille d'Albert IV d'Autriche et de Jeanne-Sophie de Bavière, duchesse consort de Bavière-Landshut, épouse de Henri XVI de Bavière ;
- Marguerite d'Autriche (v.1416-1486), fille d'Ernest d'Autriche, épouse de Frédéric II de Saxe ;
- Marguerite d'Autriche (1480-1530), fille de Maximilien Ier et de Marie de Bourgogne, archiduchesse d'Autriche, gouvernante des Pays-Bas bourguignons pour son neveu Charles Quint. Fiancée le à Amboise avec le futur Charles VIII de France et répudiée en 1491. Mariée en 1497 avec Jean d'Aragon, prince des Asturies, puis en 1501 avec Philibert II de Savoie. Morte sans postérité.
- Marguerite d'Autriche (1522-1586), fille illégitime de Charles Quint et de Johanna van der Gheynst, aussi connue comme Marguerite de Parme, gouvernante des Pays-Bas espagnols (1559-1567) pour son demi-frère Philippe II d'Espagne. Mariée 1°) 1536 : Alexandre de Médicis dit Le Maure (v. 1510-1537), duc de Toscane, sans postérité de cette union ; 2°) 1538 : Ottavio Farnese (1524-1586), duc de Parme, dont deux fils et plusieurs milliers de descendants.
- Marguerite d'Autriche (1536-1566), fille de Ferdinand Ier, empereur romain germanique, et d'Anne Jagellon, reine de Hongrie. Sans alliance ni postérité.
- Marguerite d'Autriche (1567-1633), fille de Maximilien II de Habsbourg, empereur romain germanique, et de Marie d'Autriche. Entre dans les ordres.
- Marguerite d'Autriche-Styrie (1584-1611), archiduchesse d'Autriche, princesse de Styrie, fille de Charles II d'Autriche-Styrie, duc de Basse-Autriche, et de Marie-Anne de Bavière. Mariée le à Valence avec Philippe III d'Espagne, dont huit enfants et une descendance innombrable.
- Marguerite-Thérèse d'Autriche (1651-1673), infante d'Espagne, fille du roi d'Espagne Philippe IV et de sa seconde épouse, Marie-Anne d'Autriche, et demi-sœur de Marie-Thérèse d'Autriche, reine de France, femme de Louis XIV. Première femme de son oncle, l'empereur Léopold Ier.
- Marguerite de Habsbourg-Lorraine (1870-1902), épouse en 1893 Albert de Wurtemberg (1865-1939).
- Marguerite-Clémentine de Habsbourg-Lorraine (1870-1955), princesse de Tour et Taxis.
- Margaretha de Habsbourg-Toscane (1881-1965), sans alliance ni postérité.
- Marguerite de Habsbourg-Toscane (1894-1986), marquise di Marchio.
- Margarethe de Habsbourg-Hongrie (1925-1979), princesse de Monteleone.
Liste non exhaustive.