Issu d'une famille ancienne qui prétendait descendre des Cotta de Rome, il prend en 1787 la direction de la maison de librairie, fondée par sa famille à Tübingen en 1645, puis tient à la fois plusieurs établissements florissants à Tübingen, Munich, Augsbourg, Stuttgart, et crée de grandes entreprises qui connaissent un grand succès. Au printemps 1785, intéressé par le marché de l'estampe, il se rend à Paris en compagnie de son ami, le graveur Johann Gotthard von Müller.
Il fonde le journal Les Heures (avec Goethe et Schiller), la Gazette universelle à laquelle coopèrent les plus grands écrivains des États allemands, la Gazette d'Augsbourg, le Journal Polytechnique pour les sciences et l'industrie, et introduit en Bavière la presse à vapeur ainsi que la navigation à vapeur.
Il fut longtemps le patron des gens de lettres de l'Allemagne, fonda l'Institut artistique et littéraire de Munich, et fut chargé par le gouvernement du duché de Wurtemberg de plusieurs missions auprès du Directoire et de Napoléon Ier.
Johann Friedrich Freiherr von Cotta, lithographie (vers 1830).
Wilhelmine, épouse de J. F. Cotta (portrait par Gottlieb Schick, 1802).
Albert Schäffle(de): Cotta (= Geisteshelden. Vol. 18. Hofmann, Berlin 1895.
Rudolf Schmidt: Cotta, Johann Friedrich Freiherr von. Dans: Rudolf Schmidt: Deutsche Buchhändler, Deutsche Buchdrucker. Beiträge zu einer Firmengeschichte des deutschen Buchgewerbes. Band 1: Abel – Dyck. Weber, Berlin 1902, p. 147–157.
Roger Münch: Johann Friedrich Freiherr Cotta von Cottendorf. (1764–1832). Ein Beitrag zur Berufsgeschichte der Verleger (= Deutsche Hochschulschriften Vol. 700). Hänsel-Hohenhausen, Egelsbach 1993, (ISBN3-89349-700-5) (Zugl. Université Johannes-Gutenberg de Mayence, Diss. phil. 1990).
Hans-Joachim Lang: Im Foyer der Revolution. Als Schiller in Tübingen Chefredakteur werden sollte: die Gründerzeit von Cottas „Allgemeiner Zeitung“. Verlag Schwäbisches Tagblatt, Tübingen 1998, (ISBN3-928011-28-6).
Bernhard Fischer: Die Verleger Johann Friedrich und Georg von Cotta auf Dotternhausen. „… auf seine Güter abgereist …“ (= Spuren. Vol. 48). Deutsche Schillergesellschaft, Marbach am Neckar 2000, (ISBN3-933679-36-2).
Bernhard Fischer: Der Verleger Johann Friedrich Cotta. Chronologische Verlagsbibliographie 1787–1832 (= Deutsches Literaturarchiv. Verzeichnisse, Berichte, Informationen. Vol. 30, 1–3). 3 Bände. K. G. Saur, München 2003, (ISBN3-598-11632-2).
Enrica Yvonne Dilk: „… die Sorge um das Kunstblatt …“ Wilhelm Hauffs und Ludwig Schorns Briefe aus den Jahren 1826/27 über die Fernredaktion des [Johann-Friedrich-] Cottaschen Journals. Ein Beitrag zum 200. Geburtstag Wilhelm Hauffs. Dans: Reinhard Breymayer(de) (dir.): In dem milden und glücklichen Schwaben und in der Neuen Welt. Beiträge zur Goethezeit. Festschrift für Hartmut Fröschle (= Suevica(de). Vol. 9, Nr. 2, 2001 = Stuttgarter Arbeiten zur Germanistik. Vol. 423). Heinz, Stuttgart 2004, (ISBN3-88099-428-5), p. 277–293.
Bernhard Fischer: Friedrich Schiller und Johann Friedrich Cotta. Das Horen-Projekt (= Mitteilungen und Verzeichnisse aus der Bibliothek des Bischöflichen Priesterseminars zu Trier, 22). Paulinus, Trier 2006, (ISBN3-7902-0196-0).
Konrad Feilchenfeldt(de), Bernhard Fischer und Dietmar Pravida (dir.): Varnhagen von Ense und Cotta. Briefwechsel 1810—1848. 2 Bde., J. G. Cotta’sche Buchhandlung Nachf., Stuttgart 2006 (Veröffentlichungen der Deutschen Schillergesellschaft Bd. 51.1–51.2), (ISBN3-7681-9700-X).
Peter Kaeding: Die Hand über der ganzen Welt. Johann Friedrich Cotta, der Verleger der deutschen Klassik. Klett-Cotta, Stuttgart 2009, (ISBN978-3-7681-9712-0).
Bernhard Fischer: Johann Friedrich Cotta. Verleger – Entrepreneur – Politiker. Wallstein, Göttingen 2014, (ISBN978-3-8353-1396-5).
Helmuth Mojem: Der Verleger Johann Friedrich Cotta. (1764–1832). Repertorium seiner Briefe (= Deutsches Literaturarchiv. Verzeichnisse, Berichte, Informationen. Vol. 24). Deutsche Schillergesellschaft, Marbach am Neckar 1998, (ISBN3-929146-87-8)* Helmuth Mojem, Barbara Potthast (Hrsg.): Johann Friedrich Cotta. Verleger – Unternehmer – Technikpionier. Winter, Heidelberg 2017, (ISBN978-3-8253-6422-9).