Godart réalise ensuite son Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France dont la parution commence en 1821 pour ne s’achever qu’en 1842. Outre la faune de France, il étudie également les espèces diurnes exotiques.
Encyclopédie méthodique: Histoire naturelle: Entomologie, ou Histoire naturelle des crustacés, des arachnides et des insectes: Tome neuvième. [Papillon] / par M. Latreille... et M. Godart / Paris: Agasse , 1819
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France 1ère partie, environs de Paris: Diurnes / par M. J.B. Godart...; avec les figures de chaque espèce, dessinées et coloriées d'après nature par M. P. Dumenil / Paris: Crevot , 1821
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France (11 vol.): décrits par M. Godart et par M. P.-A.-J. Duponchel, peints par P. C. Vauthier / Godart Jean-Baptiste / Paris: Crevot , 1821
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France / par M. J.-B. Godart ...; avec les figures de chaque espèce dessinées et coloriées d'après nature par M P. Dumenil... / Paris: Crevot [puis] Méquignon-Marvis , 1821-1832
Histoire naturelle des Lépidoptères ou papillons de France Tomes 3 et 4 / Jean-Baptiste Godart [et par M. P.-A.-J. Duponchel] / Paris: Crevot [Méquignon-Marvis] , 1821-1942
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France / par M. J.-B. Godart ... / Paris: Crevot [puis] Méquignon-Marvis , 1822-1835
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France: Nocturnes / par M. J.-B. Godart ...; avec les figures de chaque espèce, dessinées et coloriées d'après nature par M. P. Dumenil, continuée par P-A-J. Duponchel / Paris: Crevot [puis] Méquignon-Marvis , 1822-1838
Iconographie des chenilles, pour faire suite à l'ouvrage intitulé Histoire naturelle des Lépidoptères Tome 1, Diurnes / par J.-B. Godart, continuée par P.-A.-J. Duponchel / Paris: Méquignon-Marvis , 1832
Iconographie des chenilles: pour faire suite à l'ouvrage intitulé: Histoire naturelle des lépidoptères, ou papillons de France, par J.-B. Godart / ouvrage basé sur la méthode de Latreille; avec les figures de chaque espèce, dessinées et coloriées d'après nature par P. Duménil, peintre d'histoire naturelle; continuées P.-A.-J. Duponchel / Paris: Méquignon-Marvis , 1832-1849
Iconographie et histoire naturelle des chenilles pour servir de complément à l'Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France, de MM. Godart et Duponchel / par M. P.-A.-J. Duponchel / Paris: G. Baillière , 1849
Iconographie et histoire naturelle des chenilles (2 vol.): pour servir de complément à l'histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France / Duponchel P.-A.-J / Paris: Germer Baillière , 1849
Iconographie et histoire naturelle des chenilles, pour servir de complément à l'histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France de Godart et Duponchel T.II, Crepusculaires / par P.-A. J. Duponchel et A. Guénée / Paris: Gerner Baillière , 1849
Iconographie et histoire naturelle des chenilles, pour servir de complément à l'histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France de Godart et Duponchel T.I, Diurnes / par P.-A. J. Duponchel,... / Paris: Gerner Baillière , 1849
Toujours en avant! ou Conseils de perfection chrétienne / J.-B. Godart / Saint-Étienne (Loire): bureaux de l'"Apôtre du foyer , [S. d.]
Encyclopédie méthodique. Histoire naturelle. Entomologie, ou Histoire naturelle des crustacés, des arachnides et des insectes. Tome neuvième, par M. Latreille, ..., et M. Godart, ...
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France; par M. J.-B. Godart, ancien proviseur, et l'un des rédacteurs de l'article papillon dans l'encyclopédie méthodique. Avec les figures de chaque espèce, dessinées et coloriées d'après nature par M. P. Dumenil, peintre d'histoire naturelle. Diurnes. Seconde partie. Départements méridionaux / A Paris, chez Crevot, libraire-éditeur, rue de l'école de Médecine, Nos 11 à 13. 1822
Histoire naturelle des lépidoptères ou papillons de France; par M. J.-B. Godart, ... Ouvrage basé sur la méthode de M. Latreille / A Paris, chez Crevot, libraire-éditeur, rue de l'Ecole de médecine, no 3. 1821[-1838]