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Partant de l'idée qu’il n'y a qu'une musique française sans aucune rupture tout au long des siècles, il est un des grands défenseurs de ce répertoire. À la tête des plus grands orchestres, il se bat pour le faire redécouvrir de l’Akademie für alte Musik Berlin au Sinfonia Varsovia, du RIAS Kammerchor à l’orchestre philharmonique de Radio France, de l’Orchestre de l’Opéra National de Montpellier-Languedoc-Roussillon avec lequel il a entretenu une longue collaboration au Kammerorchester Basel. Il collabore ainsi avec des metteurs en scène aussi différents que Georges Lavaudant, Mariame Clément, Gilles et Corinne Benizio (alias Shirley et Dino), Christoph Marthaler, Joachim Schloemer ou Romeo Castellucci. Il a dirigé notamment Hamlet d’Ambroise Thomas à l’Opéra de Zagreb, Dimitri de Victorin de Joncières en Belgique et Platée de Rameau à l’Opéra de Nuremberg, le Messie de Haendel avec l’Orchestre National des Pays de la Loire à Nantes et Angers, Orphée et Eurydice de Gluck dans la version de Berlioz au Théâtre de La Monnaie à Bruxelles (mise en scène Romeo Castellucci), Castor et Pollux de Rameau au Théâtre des Champs-Élysées (mise en scène Christian Schiaretti), et King Arthur de Purcell et Don Quichotte chez la Duchesse de Boismortier dans une mise en scène de Corinne et Gilles Benizio.
Transmettre son travail sur l’interprétation, les conventions de l’époque et les dernières découvertes musicologiques, mais également les réalités et les exigences du métier de musicien, est pour lui essentiel. Il s’implique ainsi dans des actions pédagogiques auprès de jeunes musiciens (telles la Schola Cantorum de Bâle, l’Académie d’Ambronay, le Jeune Orchestre de l'Abbaye aux Dames, l’Opéra Junior de Montpellier, les CNSMD de Lyon et de Paris, la McGill University de Montréal ou à travers de multiples master-classes et conférences).
En mars 2024, il fait la couverture du numéro 200 d'Opéra Magazine qui lui consacre son entretien du mois[4].
Hervé Niquet est connu pour ses interprétations de la musique baroque, surtout française, et dirige par ailleurs fréquemment des œuvres du XIXe et du début du XXesiècle (Saint-Saëns, Debussy, Ravel, Stravinsky... ).
Son esprit pionnier dans la redécouverte de ce répertoire l’amène à participer en 2009 à la création du Palazzetto Bru Zane - Centre de musique romantique française à Venise avec lequel il mène différents projets. À titre d’exemple, cette collaboration a permis la mise en place d’une collection discographique autour des musiques du Prix de Rome avec l’enregistrement d’œuvres souvent inédites ou méconnues: un premier album consacré à Debussy est sorti en 2009, suivi par des albums consacrés à Saint-Saëns, Gustave Charpentier et dernièrement Max d’Ollone.
(sélective: hors compilations, coffrets et rééditions)
1994: Messe des Morts à quatre voix H.7, Pie Jesu H.263, De profundis H.213, Litanies de la Vierge H.89, Transfige dulcissime Jesu H.251, Confitebor tibi H.220, Nisi Dominus H.160, H.160 a, Laudate pueri Dominum H.203, H.203 a, de Marc-Antoine Charpentier (vol. 1), Le Concert Spirituel, chez Naxos. 10 de Répertoire
1995: "Vespres à La Vierge" , Beatus vir H.221, Laudate pueri H.149, Lauda Jerusalem H.210, Laetatus sum H.216, Nisi Dominus H.150, Ave Maris stella H 60, Magnificat H.72, Salve Regina à 3 chœurs H.24, de Marc-Antoine Charpentier (Vol. 2), Le Concert Spirituel, chez Naxos
1996: Te deum H.147, Messe H.1, Precatio pro Regis H.166, Panis quem ego dabo H.275, Domine salvum fac regem H.281, Canticum Zachariae H.345, de Marc-Antoine Charpentier (Vol. 3), Le Concert Spirituel, chez Naxos.
1998: Magnificat H.76, Litanies de la Vierge H.83, Quatre antiennes à la Vierge H.44-47, Prière à la Vierge H.367, Pro omnibus festis H.333, Petit motet pour la Vierge H.30, Chant joyeux du temps de Pâques H.339, de Marc-Antoine Charpentier (Vol. 4), Le Concert Spirituel, chez Naxos
2001: Te deum H.146, Dixit Dominus, H.202, In Honorem Sancti Ludovici Regis Galliae Canticum H.365, Domine Salvum Fac Regem H.291, Marches pour les Trompettes H.547, de Marc-Antoine Charpentier, Le Concert Spirituel, chez Glossa.
2002: 5 Méditations pour le Carême H.380, H.381, H.386, H.387, H.388, 3 Leçons de Ténèbres H.135, H.136, H.137, de Marc-Antoine Charpentier, Cyril Auvity, Ian Honeyman, Alain Buey, Ronan Nédélec, Pierre Evreux, Thibaut Lenaerts, Le Concert Spirituel, chez Glossa.
2002: Messe de Monsieur Mauroy H.6, Domine salvum fac Regem H.299, de Marc-Antoine Charpentier, Michel Chapuis, grand orgue, Le Concert Spirituel, chez Glossa.
2013: Missa Macula non est in te, de Louis-Nicolas Le Prince, avec les Motets, Gaudet fideles H.306, Graciarum actiones pro restituta Regis christianissimi sanitate, H.341, Ouverture pour le sacre d'un évêque H.536 (instrumental), O pretiosum H.245, Domine salvum fac regem H. 299, Magnificat H.75, de Marc-Antoine Charpentier et O dulcissime Domine de Jean-Baptiste Lully, Le Concert Spirituel chez Glossa.
2018: Le Tribut de Zamora, de Charles Gounod, avec Chor des Bayerischen Rundfunks et Münchner Rundfunkorchester chez Ediciones Singulares.
2019: L'Opéra des opéras (divers compositeurs), avec Karine Deshayes, Katherine Watson et Reinoud van Mechelen, Le Concert Spirituel chez Alpha Classics.
2019: Messe solennelle, de Hector Berlioz, avec Le Concert Spirituel, chez Alpha Classics.
2020: Requiem pour Louis de XVI, de Jean-Paul-Egide Martini, avec Le Concert Spirituel, chez Château de Versailles Spectacles.
2020: Richard Cœur de Lion, d'André Grétry, avec Le Concert Spirituel, chez Château de Versailles Spectacles.