Il s'occupe particulièrement de l'herbier auquel il ajoute sa propre collection constituée de plus de trente mille espèces. Il développe un système de classification qui fait l'objet de son livre Genera plantarum secundum ordines naturales disposita[1] (1836-1850). Dans ce livre, il sépare les thallophytes des plantes vasculaires.
Il fonde en 1835 la première revue autrichienne d'histoire naturelle: Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte. Il travaille en collaboration avec de nombreux botanistes, tels que Gray, Bentham et Brown. Endlicher décrivit durant sa vie de très nombreuses plantes dont le fameux genre Sequoia et le genre Wikstroemia.
Endlicher participe aux événements politiques de 1848 et devient membre des parlements allemands et autrichiens.
[1830] (la) Flora Posoniensis, exhibens plantas circa Posonium sponte crescentes aut frequentius cultas, methodo natural dispositas, Posonii, Joseph Landes, , 493p., sur books.google.fr (lire en ligne).
[1833] (la) Prodromus florae Norfolkicae sive Catalogus stirpium quae in Insula Norfolk annis 1804 et 1805 a Ferdinando Bauer collectae et depictae, Vindobonae, F. Beck, , 100p., sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne).
[1815] (la) Nova genera et species plantarum :quas in peregrinatione ad plagam aequinoctialem orbis novi collegerunt, t.1 (Voyage de Humboldt et Bonpland, sixième partie. Botanique. Atakta botanica), Paris, , 96 pl. + 377, sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne).
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[1836–1850] (la) Genera plantarum secundum ordines naturales disposita, F. Beck, , sur biodiversitylibrary.org (lire en ligne).
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Linguistique et autres
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[Endlicher & Eichenfeld 1837] (la) Stephan Endlicher et Joseph Eichenfeld, Analecta Grammatica Maximam Partem Anecdota, Vindobonae, F. Beck, , 571p., sur books.google.fr (lire en ligne).
[1837] (de) Verzeichniss der chinesischen und japanischen Münzen des k. k. Münz-und Antiken-Cabinetes in Wien, nebst einer Übersicht der chinesischen und japanischen Bücher der k. k. Hofbibliothek, F. Beck, , 140p., sur books.google.fr (lire en ligne).
[1842] (la) Rerum Hungaricarum monumenta arpadiana, Sangalli, Scheitlin & Zollikofer, , 748p., sur books.google.fr (lire en ligne).
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