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Les remarques qui suivent portent sur la transcription Arabica qui est la plus cohérente des deux (une lettre arabe = une lettre latine). Or certaines lettres ont plusieurs fonctions, d'autres sont muettes; la transcription est donc souvent ambiguë:
la hamza indépendante, ainsi que ʾalif, yāʾ et wāw quand ils portent la hamzadiacritée, ont tous la valeur [ʔ], transcrite ‹ʾ›, ils ne diffèrent en effet que par les règles d'écriture de la hamza mais représentent fondamentalement la même consonne;
ʾalif et ʾalif maqṣūra servent tous deux à allonger le /a/: la transcription ne permet pas de savoir laquelle des deux lettres est utilisée;
le tāʾ marbūṭa n'est prononcé /t/ qu'en état d'annexion ou lorsqu'on prononce la désinencecasuelle; il ne sera transcrit que dans ces deux cas;
le tanwīn est noté en exposant accompagné de sa voyelle casuelle (raʾaytu kalban);
au sukūn et à la šadda ne correspondent aucun signe particulier. On note رأيْتُ ainsi raʾaytu et كسّر ainsi kassartu (par simple redoublement de la consonne géminée);
le /l/ de l'article assimilé devant consonne «solaire» est noté /l/ quand on transcrit de l'arabe littéral: al-sirr. En effet, l'assimilation est dans ce cas totalement prédictible. En revanche, lorsqu'on transcrit un texte en dialecte arabe, on doit faire apparaître l'assimilation quand elle se produit: l-kalb; n-nâr. En effet, les règles d'assimilation de l'article sont variables d'un dialecte à l'autre.
Toutes ces raisons font qu'il est parfois pratique d'utiliser une translittération précise qui suive l'original arabe, caractère par caractère. La norme ISO 233 permet cela (dans les exemples suivants, on placera les translittérations entre accolades):
chaque consonne est écrite avec un symbole consonantique, même le ʾalif (translittéré ‹ʾ›, demi-anneau à droite), le wāw, et autres lettres d’allongement;
les voyelles ne sont indiquées que si le texte de départ est vocalisé;
les différents types de hamza sont notés par:
‹'› avec un support: حَقَائِبْḥaqāʾib‹ḥaqaʾy'ib°›,
‹ˌ› sans support: ضَوْءḍawʾ‹ḍaw°ˌ›,
ʾalif maqṣura est noté ‹ỳ›: مَتَىmatā‹mataỳ›;
tāʾ marbūṭa est translittéré ‹ẗ› (dans d'autres normes, un ‹ʰ›): سَبْعَةsabʿa‹sab°ʿaẗ›;
les tanwīn sont rendues par un accent aigu: رَجُلًاraǧulan‹raǧuláʾ›;
le sukūn est noté par un ‹°›: زَوْجzawǧ‹zaw°ǧ›, la šadda par un macron: شَدَّةšadda‹šad̄aẗ›;
l'assimilation de l'article est écrite lettre par lettre: أَلشَّمْسʾaš-šams‹ʾ'alš̄am°s›, etc.