Windorf on kunta Passaun piirikunnassa Ala-Baijerissa Saksassa. Se sijaitsee Tonavan varrella kolme kilometriä Vilshofenista kaakkoon ja 19 kilometriä Passausta luoteeseen. Kunnan pinta-ala on 56,90 neliökilometriä, sen asukasluku oli vuoden 2023 lopussa 5 100 ja väestötiheys oli 90 asukasta/km2. Windorfin pormestarina toimii Franz Langer.