Sekvenssi tarkoittaa makromolekyylin monomeerien järjestystä molekyylin primaarirakenteessa, esimerkiksi nukleotidien järjestystä nukleiinihapossa tai aminohappotähteiden järjestystä polypeptidissä. Järjestyksellä voi olla merkittäviä vaikutuksia molekyylin toimintaan; esimerkiksi DNA:n sisältämä geneettinen informaatio on säilötty nukleotidien järjestykseen. Koska DNA:n nukleotidit poikkeavat toisistaan ainoastaan emäsosaltaan, DNA:n sekvenssillä tarkoitetaan sen emäsjärjestystä.