Kiskonjoki on Varsinais-Suomessa Salon Perniössä ja Kiskossa sekä Uudenmaan Raaseporissa virtaava 22 kilometriä pitkä joki, joka muodostaa Kiskonjoen–Perniönjoen vesistön 75 kilometrin pituisesta pääuomasta sen alajuoksun. Kiskonjoki yhtyy Perniönjoen kanssa yhdeksi uomaksi, jolle on annettu, mereen laskevalle alimmalle kuuden kilometrin osuudelle, nimeksi Perniönjoki.