Vesinikul on kolm looduslikku isotoopi: 1H, 2H ja 3H. Vesinik on ainus element, mille isotoopidel on erinevad nimetused.
Prootium (1H ehk tavaline vesinik H massiarvuga 1) on looduses kõige enam levinud isotoop (99,98%), mille tuumas ei ole ühtki neutroni
Deuteerium (2H ehk D massiarvuga 2) on teine stabiilne isotoop , mille aatomituumas on 1 prooton ja 1 neutron. Deuteerium moodustab 0,0026–0,0184% looduslikust vesinikust. Oluliselt deuteeriumiga rikastatud vett nimetatakse raskeks veeks.
Teised vesiniku isotoobid (4H, 5H, 6H, 7H) on saadud sünteetiliselt.
1H, 2H ja 3H aatommasside omavaheline erinevus on suhteliselt suur, seetõttu esineb keemilistes reaktsioonides nende kolme isotoobi korral ühendite aktiivsustes mõningaid erinevusi.
Paaritu massiarvuga prootium (spinn = ½) annab TMR-spektroskoopias signaali. Tavalise vesiniku 1H TMR on üks olulisematest orgaaniliste ühendite struktuuri uurimise meetoditest.
Deuteerium (spinn = 1) TMR-spektroskoopias 1H spektri piirkonnas signaali ei anna. Deuteeriumi sisaldavad solvendid, näiteks raske vesi, on kasutatavad 1H TMR-spektroskoopias mittesegavate keskkondadena. Deuteeriumi ja selle ühendeid kasutatakse keemilistes reaktsioonides moodustuvate ühendite mitteradioaktiivse märgistajana.
Väikestes kogustes kasutatakse deuteeriumi meditsiinis ainevahetuse jälgimiseks.
Olulist rakendust on deuteerium ja triitium leidnud tuumaenergeetikas.