Wynigen es una comuna suiza del cantón de Berna, situada en el distrito administrativo del Emmental. Limita al norte con las comunas de Seedorf y Ochlenberg, al este con Oeschenbach y Walterswil, al sur con Affoltern im Emmental, Heimiswil y Burgdorf, y al oeste con Rumendingen y Alchenstorf.