Sankt Margrethen es una comuna suiza del cantón de San Galo, ubicada en el distrito de Rheintal. Limita al norte y este con las comunas de Gaißau (AUT-8), Höchst (AUT-8) y Lustenau (AUT-8), al sur con Au y Walzenhausen (AR), y al oeste con Lutzenberg (AR) y Rheineck.