Los Presidentes del Club Universitario de Deportes son los encargados de conducir los destinos institucionales del club. A lo largo de sus 100 años de historia fueron veinte los presidentes que tuvieron esta responsabilidad. El presidente que más tiempo se mantuvo en el cargo fue Rafael Quirós, llegando a permanecer durante diez años en la presidencia, seguido por Plácido Galindo, Jorge Nicolini y Alfredo González con nueve años cada uno. Asimismo, Quirós es hasta el momento el presidente con la mayor cantidad de períodos, cinco en total. Durante sus diez años de gestión, el equipo crema obtuvo seis campeonatos nacionales y el subcampeonato de la Copa Libertadores 1972.