En biología, cultivo axénico describe un cultivo en el que solo una especie, variedad o cepa de organismo está presente y completamente libre de todos los demás organismos (contaminantes). Los primeros cultivos axénicos fueron de bacterias o eucariotas unicelulares, pero también son posibles los cultivos axénicos de muchos organismos multicelulares. Los cultivos axénicos son muy extraños en la naturaleza. En los medios naturales como el suelo, agua, o en el cuerpo humano, existen cultivos mixtos que consisten en muchas y diferentes especies de forma conjunta. El cultivo axénico es una herramienta importante para el estudio de organismos simbióticos y parásitos en un ambiente controlado. Un cultivo axénico se obtiene artificialmente en un laboratorio.