Los hábitats más destacables por su interés faunístico son:
Los ríos, donde destaca la presencia del cangrejo de río (Austrapotamobius pallipes), la trucha (Salmo trutta), la bermejuela (Chondrostoma arcasii), el gobio (Gobio gobio) y el piscardo (Phoxinus phoxinus).
Los sotos y riberas, así como los enclaves próximos a puntos de surgencia de agua o las zonas húmedas, por su gran importancia para las comunidades animales que mantienen y por su papel como corredor biológico. Destacan por ser el hábitat del lagarto verdinegro (Lacerta chreiberi), el martín pescador (Alcedo atthis), el autillo (Otus scops), el pico menor (Dendrocopos minor), la nutria (Lutra lutra) o el desmán ibérico (Galemys pyrenaicus), entre otras especies.
Los mosaicos de prados y setos, ubicados generalmente en las vegas o fondos de valle, por ser el hábitat de la mariposa Euphydryas aurinia, de aves como el alcaudón dorsirrojo (Lanius collurio) o el escribano hortelano (Emberiza hortelana) y de mamíferos como el erizo europeo (Erinaceus europaeus), el tejón (Meles meles) o el gato montés (Felis silvestris).
Los roquedos y cuevas, por su importancia para la entomofauna cavernícola, por ser lugar de refugio y cría de diferentes especies de murciélagos (Rhinolophus ferrumequinum, R. hippoisderos, Myotis emarginata, M. myotis, M. blythi, Miniopterus schreibersi, Tardarida teniotis, Eptesicus serotinus, Plecotus spp.) y por ser lugar de nidificación de una rica y variada comunidad de aves como el águila perdicera (Hieraaetus fasciatus), el alimoche (Neophron percnopterus), el águila real (Aquila chrysaetos), el halcón peregrino (Falco peregrinus), el búho real (Bubo bubo) o la chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax).
Los bosques caducifolios, por su gran valor por la presencia de dos coleópteros, el escarabajo longicornio (Cerambys cerdo) y el ciervo volante (Lucanus cervus), por ser lugar de cría para numerosas aves forestales como la culebrera europea (Circaetus gallicus), el pico menor (Dendrocopos minor), los milanos real (Milvus milvus) y negro (M. migrans), el azor (Accipiter gentilis), el gavilán (Accipiter nisus), el alcotán(Falco subbuteo), el abejero europeo (Pernis apivorus), el chotacabras gris (Caprimulgus europaeus), el aguililla calzada (Hieraaetus pennatus), de carnívoros como el lobo (Canis lupus) y de algunos murciélagos como el nóctulo menor (Nyctalus leisleri), el murciélago de borde claro, (Pipistrelus kuhli) y el murciélago de bosque (Barbastella barbastellus).
Los medios abiertos ocupados por pastizales y matorrales, especialmente los asentados en las llanas parameras, de gran importancia para el mantenimiento de una rica fauna esteparia. Por un lado, son el hábitat de especies de aves como los aguiluchos cenizo (Circus pygargus) y pálido (Circus cyaneus), el búho campestre (Asio flammeus), el alcaraván (Burhinus oedicnemus), la calandria (Melanocorypha calandra), la terrera común (Calandrela brachydactyla) o la bisbita campestre (Anthus campestres). Por otro lado, constituyen el hábitat de alimentación de la mayoría de las aves rapaces y de los murciélagos que habitan en los otros hábitats.
El Espacio Natural «Hoces del Alto Ebro y Rudrón» está situado en el noroeste de la provincia de Burgos y presenta un paisaje de gran belleza, donde los estrechos fondos de valle encajados entre escarpados desfiladeros y cortados, atravesados por los ríos Ebro y Rudrón, contrastan poderosamente con los extensos páramos casi llanos situados a mayor altitud, en los que la perspectiva se abre en amplios horizontes.
Desde el punto de vista geológico y geomorfológico ofrece múltiples y valiosos atractivos, así como singularidades o puntos de interés muy notables.
El río Ebro atraviesa el norte de la provincia de Burgos desde Orbaneja del Castillo hasta más allá de Miranda de Ebro durante 150 km en una sucesión de cañones (hoces) alternados con valles abiertos, así como otros elementos naturales en los alrededores que constituyen una zona de interés naturístico. El trazado del río va de oeste a este, pero muy sinuoso, bien porque acaba atravesando un macizo montañoso por el sitio más propicio (disolución de rocas calizas fundamentalmente), o porque forma meandros en los valles.
Las zonas más destacadas de las hoces y alrededores, de oeste a este, son:
Las hoces de Orbaneja del Castillo, donde además destacan una gran cascada y la cresta rocosa por encima del pueblo, caprichosamente recortada en forma de almenas y que motiva el nombre de la localidad.
Las hoces del Rudrón es de los más importantes espacios del entorno. El río Rudrón, poco después de Basconcillos del Tozo, se sumerge en un hundidero (fenómeno kárstico por disolución de la roca caliza) y vuelve a aparecer como nacedero en la Cueva del Moro en Barrio Panizares. Posteriormente se encajona en hoces y forma el Valle del Rudrón hasta afluir al río Ebro en Valdelateja, donde además se encuentra un manantial de aguas termales que ha dado lugar a un balneario. Poco antes de Valdelateja, en Covanera, está el Pozo Azul, un nacedero en forma de pozo cuyas aguas cristalinas aparentan ser azuladas.