La sede principal del IAPH se encuentra en la Isla de la Cartuja de Sevilla. Este enclave, junto al río Guadalquivir, se tiene constancia de que ha estado habitado desde el siglo XII, época en la que había un barrio alfarero musulmán, posteriormente en el siglo XIV fue el claustro de legos del Monasterio de La Cartuja de Sevilla, durante el período de ocupación francesa de la Guerra de Independencia (1808-14) tuvo funciones de cuartel, y entre 1841 y 1982 fue fábrica de loza de Pickman. Estos espacios de huertas, celdas, almacenes, molinos son transformadas, con diverso éxito y criterio, en 1992 con ocasión de la Exposición Universal de Sevilla.
En el Conjunto del Monasterio de la Cartuja, con la rehabilitación se ubicaron otras instituciones públicas de carácter educativo y cultural, pretendiendo que este enclave pasara de fábrica de cerámica a factoría cultural. El Organismo Autónomo Administrativo Centro Andaluz de Arte Contemporáneo y la denominada Universidad Internacional de Andalucía es una institución pública creada por Ley de la Comunidad Autónoma de Andalucía en el año 1994, que nació con el objetivo de contribuir a la creación, desarrollo, transmisión y crítica de la ciencia, de la técnica y de la cultura, mediante la docencia, la investigación coordinada y el intercambio de información científica y tecnológica de interés a nivel internacional e interregional, son los organismos con los que comparte el espacio en este lugar.
La otra sede con que cuenta el IAPH es el Centro de Arqueología Subacuática de Andalucía, que se encuentra enclavado sobre la gaditana playa de La Caleta, en el Balneario de la Palma y el Real. Este edificio data de los años 20 del siglo XX y ha tenido diversas funciones durante ese siglo, como son Balneario, Escuela de Flechas Navales, alternó servicios de baños con usos hoteleros e incluso salón de celebraciones.
Debido a la mala calidad de su estructura se llegó a plantear su demolición, pero fue en 1990 cuando la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía lo declara Bien de Interés Cultural (BIC).[cita requerida] Una vez finalizada su rehabilitación se tomó la decisión de destinarlo a su cometido actual.[cita requerida]