Diversidad de nucleótidos

La diversidad de nucleótidos es un concepto en genética molecular que se usa para medir el grado de polimorfismo dentro de una población.^[1]

Una medida comúnmente utilizada de la diversidad de nucleótidos fue introducida por primera vez por Nei y Li en 1979. Esta medida se define como el número promedio de diferencias de nucleótidos por sitio entre dos secuencias de ADN en todos los pares posibles en la población de muestra, y se denota por ${\displaystyle \pi }$.

Está dado por la fórmula:

${\displaystyle \pi =\sum _{ij}x_{i}x_{j}\pi _{ij}=2*\sum _{i=2}^{n}\sum _{j=1}^{i-1}x_{i}x_{j}\pi _{ij}}$

dónde ${\displaystyle x_{i}}$ y ${\displaystyle x_{j}}$ son las frecuencias respectivas de las secuencias ${\displaystyle i}$ y ${\displaystyle j}$ , ${\displaystyle \pi _{ij}}$ es el número de diferencias de nucleótidos por sitio de nucleótidos entre las secuencias ${\displaystyle i}$ y ${\displaystyle j}$ , y ${\displaystyle n}$ es el número de secuencias en la muestra.

La diversidad de nucleótidos es una medida de la variación genética. Suele asociarse con otras medidas estadísticas de la diversidad de la población y es similar a la heterocigosidad esperada. Esta estadística puede usarse para monitorear la diversidad dentro o entre poblaciones ecológicas, para examinar la variación genética en cultivos y especies relacionadas,^[2] o para determinar relaciones evolutivas.^[3]

La diversidad de nucleótidos puede calcularse examinando las secuencias de ADN directamente, o puede estimarse a partir de datos de marcadores moleculares, como datos de ADN polimórfico amplificado aleatorio (RAPD)^[4] y datos de polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP).^[5]

Software

• DnaSP — DNA Sequence Polymorphism, es un paquete de software para el análisis del polimorfismo de nucleótidos a partir de datos de secuencia de ADN alineados.
• MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, es un paquete de software utilizado para estimar las tasas de evolución molecular, así como para generar árboles filogenéticos y alinear secuencias de ADN. Disponible para Windows, Linux y Mac OS X (desde la versión 5.x).
• El software Arlequin3 se puede utilizar para calcular la diversidad de nucleótidos y una variedad de otras pruebas estadísticas para análisis intrapoblacionales e interpoblacionales. Disponible para Windows.
• Variscan
• Paquete R PopGenome