Se ubica en la zona occidente y centro del departamento, el río Magdalena surca el territorio del departamento por espacio de 72 km, en su ribera se ubica la población de Puerto Boyacá, recibe las aguas de los siguientes ríos:[3]
El río Chicamocha nace en las cercanías de Tunja y en su recorrido se le llama río Jordán, Grande, Tunja, río Sogamoso y Chicamocha propiamente dicho, en inmediaciones de la población de Paz de Río inicia el cañón del Chicamocha, recorre los departamentos de Boyacá y Santander; recibe como tributario a los ríos Sotaquira, Chitano, Jabonera, Soapagua y Nevado.[3]
El río Suárez nace en la laguna de Fúquene, en límites de los departamentos de Boyacá y Cundinamarca, sus afluentes principales son los ríos Chiquinquirá, Saboya, Moniquirá, Pómeca y Lenguaruco.[3]
A esta cuenca pertenecen las lagunas de Palagua y Marañal en territorio de Puerto Boyacá.
Se ubica en la zona nororiente del departamento, recibe las aguas de los siguientes ríos:[3]
río Cobugón
río Orozco
río Derrumbada
río Royatá
río Bojabá
río Cobaria
El río Cobaria atraviesa la reserva de los indígenasu'wa
El río Meta no pasa por territorio boyacence, pero recibe las aguas de los siguientes ríos:[3]
El río Cravo Sur y el Pauto nacen en el páramo de Pisba, el río Lengupá se forma de la confluencia de los ríos Rusa y Mueche. El río Upía Nace en la laguna de Tota, el río Cusiana Nece en el Cerro Negro.[2]
laguna de Tota: la laguna de Tota es el cuerpo de agua natural más grande del país. Se encuentra ubicada a 15 km al sur de la ciudad de Sogamoso. La laguna está rodeado por los municipios de Iza, Cuítiva, Tota y Aquitania.[2]
laguna de Fúquene: la laguna de Fúquene se ubica al norte de Cundinamarca, en la jurisdicción de la municipalidad del mismo nombre, cerca del límite fronterizo con Boyacá a una altitud de 2.540 metros, y a una distancia de unos 80 km de la ciudad de Bogotá.[2]