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Gloeomargarita es una cianobacteria en forma de bacilo, unicelular, gramnegativo, con metabolismo fotoautótrofo oxigénico y motilidad deslizante. Se aisló por primera vez en 2007 a partir de muestras tomadas de la laguna alcalina de Alchichica (México). Estas muestras se mantuvieron en un acuario de laboratorio, aislándose de una biopelícula y se le denominó Gloeomargarita lithophora. Contienen clorofila a, ficocianina y tilacoides fotosintéticos ubicados periféricamente. Las células son de 1.1 μm de ancho y 3.9 μm de largo en promedio. El crecimiento se produjo tanto en medios de crecimiento BG-11 líquidos como sólidos, así como en agua alcalina. La temperatura óptima de crecimiento es de 25 °C y el pH óptimo de crecimiento es de 8-8.5.[1]
El análisis filogenético basado en proteínas plastidiales, ha revelado que conformaría un grupo independiente de las demás cianobacterias denominado Gloeomargaritales; grupo que formaría un clado hermano de los plastos de las plantas (clado Archaeplastida),[2] lo que tiene grandes implicaciones evolutivas, porque significaría que la primera célula vegetal, la microalga primigenia, sería producto de la simbiogénesis entre un protozoo huésped del clado Corticata y una cianobacteria endosimbionte del clado Gloeomargaritales.
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