Στον παρακάτω κατάλογο αναφέρονται οι δήμοι, οι δημοτικές ενότητες, οι τοπικές κοινότητες και οι οικισμοί της Περιφερειακής Ενότητας Νάξου.
Η Περιφερειακή Ενότητα Νάξου έχει πληθυσμό 20837 κατοίκους.
Έδρα του Δήμου είναι η Αμοργός. Ο Δήμος Αμοργού έχει μόνιμο πληθυσμό 1973 κατοίκους. Στο δήμο περιλαμβάνονται:
- Τοπική Κοινότητα Αιγιάλης Αμοργού [ 514 ]
- ο Άγιος Παύλος [ 11 ]
- η Αιγιάλη [ 261 ]
- το Λιαδί (νησίδα) [ 0 ]
- ο Όρμος Αιγιάλης [ 147 ]
- η Πλάκα Λιαδιού (νησίδα) [ 0 ]
- ο Ποταμός [ 95 ]
- Τοπική Κοινότητα Αμοργού [ 409 ]
- η Αμοργός [ 397 ]
- το Βιόκαστρο μεγάλο (νησίδα) [ 0 ]
- το Βιόκαστρο μικρό (νησίδα) [ 0 ]
- το Γραμπονήσιο (νησίδα) [ 0 ]
- η Καστελόπετρα [ 12 ]
- τα Νικούρια (νησίδα) [ 0 ]
- Τοπική Κοινότητα Αρκεσίνης Αμοργού [ 179 ]
- ο Άνυδρος (νησίδα) [ 0 ]
- η Αρκεσίνη [ 106 ]
- η Γραμβούσσα (νησίδα) [ 0 ]
- η Καλοταρίτισσα [ 20 ]
- η Καλοφάνα [ 40 ]
- το Κισίρι (νησίδα) [ 0 ]
- η Μαύρη Μύτη [ 3 ]
- το Πατελίδι (νησίδα) [ 0 ]
- η Ραχούλα [ 10 ]
- η Φελούκα (νησίδα) [ 0 ]
- η Ψαλίδα (νησίδα) [ 0 ]
- Τοπική Κοινότητα Βρούτση Αμοργού [ 87 ]
- ο Βρούτσης [ 41 ]
- το Καμάρι [ 46 ]
- Τοπική Κοινότητα Θολαρίων Αμοργού [ 189 ]
- τα Θολάρια [ 138 ]
- η Παραλία Θολαρίων [ 51 ]
- Τοπική Κοινότητα Καταπόλων Αμοργού [ 595 ]
- το Άνω Αντικέρι (νησίδα) [ 0 ]
- τα Κατάπολα [ 134 ]
- το Κάτω Αντικέρι (νησίδα) [ 2 ]
- οι Λεύκες [ 58 ]
- τα Νερά [ 6 ]
- το Ξυλοκερατίδι [ 156 ]
- το Πέρα Ραχίδι [ 48 ]
- το Ραχίδι [ 172 ]
- το Χριστουλάκι [ 19 ]
Έδρα του Δήμου είναι η Νάξος. Ο Δήμος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων έχει μόνιμο πληθυσμό 18864 κατοίκους. Στο δήμο περιλαμβάνονται:
- Δημοτική Κοινότητα Δονούσης [ 167 ]
- Δημοτική Κοινότητα Απεράθου Νάξου [ 904 ]
- Δημοτική Κοινότητα Φιλοτίου Νάξου [ 1487 ]
- Τοπική Κοινότητα Δαμαριώνος Νάξου [ 507 ]
- Τοπική Κοινότητα Δανακού
- Τοπική Κοινότητα Κεραμωτής
- Τοπική Κοινότητα Κορωνίδος Νάξου [ 594 ]
- Τοπική Κοινότητα Κορώνου Νάξου [ 647 ]
- Τοπική Κοινότητα Μέσης Νάξου
- Τοπική Κοινότητα Μονής Νάξου [ 216 ]
- Τοπική Κοινότητα Σκαδού
- Τοπική Κοινότητα Χαλκείου Νάξου [ 543 ]
- Δημοτική Κοινότητα Ηρακλείας Νάξου [ 141 ]
- Δημοτική Κοινότητα Κουφονησίων Νάξου [ 399 ]
- Δημοτική Κοινότητα Αγίου Αρσενίου Νάξου [ 1327 ]
- Δημοτική Κοινότητα Νάξου [ 7374 ]
- Τοπική Κοινότητα Βίβλου Νάξου [ 672 ]
- Τοπική Κοινότητα Γαλανάδου
- Τοπική Κοινότητα Γαλήνης Νάξου
- Τοπική Κοινότητα Γλινάδου
- Τοπική Κοινότητα Εγγαρών
- Τοπική Κοινότητα Κινιδάρου Νάξου [ 388 ]
- Τοπική Κοινότητα Μελάνων Νάξου [ 652 ]
- Τοπική Κοινότητα Ποταμιάς Νάξου [ 285 ]
- Τοπική Κοινότητα Σαγκρίου Νάξου [ 537 ]
- το Άνω Σαγκρίο [ 210 ]
- το Κανακάρι [ 49 ]
- το Καστράκι [ 158 ]
- το Κάτω Σαγκρίο [ 27 ]
- η Μικρή Βίβλα [ 93 ]
- η Παναγία (νησίδα) [ 0 ]
- Δημοτική Κοινότητα Σχοινούσσης [ 227 ]