Το Πυθαγόρειο είναι κωμόπολη της Σάμου, χτισμένη στη νοτιοανατολική πλευρά του νησιού. Βρίσκεται νότια της πόλης της Σάμου και σε απόσταση 12 χιλιόμετρα απ' αυτήν. Ο πληθυσμός του -σύμφωνα με την απογραφή του 2011- είναι 1.272 κάτοικοι. Διοικητικά ανήκει στο Δήμο Σάμου, ενώ μέχρι τα τέλη του 2010 αποτελούσε έδρα του Δήμου Πυθαγορείου.