Das St.-Thomas-Gymnasium Wettenhausen ist eine Schule im schwäbischen Landkreis Günzburg, die einen musischen und einen wirtschaftswissenschaftlichen Zweig anbietet. Träger ist das Schulwerk der Diözese Augsburg. Für die Schüler besteht kein Konfessionszwang, die Teilnahme am Religionsunterricht ist jedoch verpflichtend.